Een fylogenetische boom is een grafische weergave van evolutionaire relaties die aantoont hoe organismen mogelijk zijn afgeweken van een gemeenschappelijke voorouder. Voorheen werd dit gedaan door de anatomie en fysiologie van levende organismen en fossielen te vergelijken, maar nu wordt vaak gebruik gemaakt van genetische informatie uit DNA-nucleotidesequenties. Organismen met weinig overeenkomsten kunnen worden gevonden op de afzonderlijke "takken" van een fylogenetische boom en die met specifieke overeenkomsten zouden zich op "twijgen" van dezelfde tak bevinden. Een fylogenetische boom is een methode om soorten en evolutionaire veranderingen in organismen te begrijpen.
Selecteer een modelorganisme voor relatievergelijking. Dit kan met een soort, ras of nucleotidesequentie die een organisme vertegenwoordigt. Een voorbeeldorganisme zou een koe kunnen zijn. De rest van de boom zou aantonen hoe nauw een koe verwant is aan andere organismen op basis van genetische eigenschappen.
Kies een outgroup. Een outgroup is een minder nauw verwant organisme of een enorm verschillende nucleotidesequentie. Als het modelorganisme een koe is, zou een mogelijke outgroup een vis zijn. Hoe meer verschillende twee organismen zijn, hoe verder naar beneden op de fylogenetische boom hun divergerende vertakkingspunt zal zijn. De tijd wordt weergegeven met de oudste datum onderaan de grafiek en de huidige dag bovenaan de grafiek. De plaatsing van de takken laat ongeveer zien wanneer in het verleden een evolutionaire eigenschap een voorouderlijk organisme mogelijk in verschillende soorten heeft veranderd.
Bepaal een reeks kenmerken om te gebruiken voor vergelijking. Voorbeelden zijn 'heeft vier poten', 'kauwt op herkauwen', 'geeft levendgeborene' of 'groeit haar'. Nucleotidesequenties zijn gewoon alfabetische representaties van DNA dat kenmerken bepaalt, dus een andere optie zou zijn: "bevat de sequentie" ATGGACACGGA."
Verdeel organismen op basis van de kenmerken. Wanneer een organisme niet de gewenste eigenschap bevat, wordt er een tak gemaakt in de fylogenetische boom. Voor het kenmerk "heeft vier poten", zouden koeien, schapen en herten allemaal op één tak zitten, terwijl vissen op een aparte tak zouden zitten. Plak de afbeelding of reeks van een koe in de bovenhoek van het posterbord en de vis in de tegenovergestelde hoek en trek twee lijnen van hen naar de basis van het papier in een kruisende V-vorm.
Ga door met het scheiden van de modelorganismen of nucleotidesequenties totdat elk voorbeeld een enkele scheiding heeft van de tak in een takje. Het kenmerk "heeft wol" zou schapen van herten en koeien scheiden op een enkelvoudige tak. Plaats de afbeelding van het schaap naast de afbeelding van de vis en trek een lijn die in een V-vorm naar de tak van de koe loopt. Het gebruik van het kenmerk "heeft een pluizige staart" zou koe van herten onderscheiden. Plak de afbeelding van het hert tussen de koe en het schaap en trek nog een lijn in een V-vorm die de vis- en schapenlijnen kruist. Wanneer elke soort een enkele tak heeft, is de fylogenetische boom voltooid.