Een allel is een mogelijke coderende sequentie van een gen. Een veel voorkomende misvatting of gebrekkige terminologie is dat er genen zijn voor specifieke eigenschappen. Genen controleren verschillende eigenschappen van een organisme, zoals haarkleur of oogkleur, maar de daadwerkelijke expressie van een eigenschap hangt af van welk allel dominant is. Het gen voor oogkleur bij mensen kan bijvoorbeeld een allel voor bruine ogen en een allel voor blauwe ogen hebben, of een allel voor bruine ogen en één voor groene ogen. Mensen, evenals andere levensvormen die twee exemplaren van elk chromosoom hebben, hebben ook twee exemplaren van elk gen om allelen op te slaan.
De twee kopieën van een gen, één op elk van de chromosomen, bevatten elk een allel. Homozygotie treedt op wanneer de twee genkopieën hetzelfde allel voor een bepaald fenotype of tot expressie gebrachte eigenschap bevatten. Heterozygotie treedt op wanneer de twee allelen verschillend zijn. Fenotypen kunnen dominant of recessief zijn. Als een fenotype dominant is, hoeft slechts één van de allelen daarvoor aanwezig te zijn. Als het recessief is, moeten beide allelen aanwezig zijn.
Volgens het Utah State Office of Education kan een Punnett-vierkant worden gebruikt om de waarschijnlijkheid te voorspellen dat een bepaald genotype bij het nageslacht zal voorkomen door de allelen van de twee ouders te nemen en te combineren hen. Het genotype zal het fenotype beïnvloeden, afhankelijk van of de allelen dominant of recessief zijn. Het basis Punnett-vierkant is verdeeld in vier kleinere vierkanten. De mogelijke genen van één ouder worden boven de bovenste twee vierkanten vermeld, de andere ernaast gaat verticaal naar beneden aan de linkerkant. Hoofdletters duiden dominante allelen aan en kleine letters duiden recessieve allelen aan. Een homozygoot dominant gen voor bruine ogen zou bijvoorbeeld worden geschreven als BB en een heterozygoot gen als Bb. Een homozygoot recessief gen zou worden geschreven als bb. Door de letters naast elk vierkant te nemen, voor een Bb x Bb-kruis, zou de kans op een BB-genotype 25 procent, Bb 50 procent en bb 25 procent zijn. In termen van fenotype hebben de nakomelingen 75 procent kans op bruine ogen, omdat bruine ogen een dominant fenotype zijn, volgens sciencekidsathome.com.