Zelfs wetenschappers weten niet 100 procent zeker hoe amethist-geodes precies worden gevormd - of hoe welke geode dan ook. Er is niet veel onderzoek gedaan, omdat geodes gewoon leuke wetenschappelijke anomalieën zijn met weinig of geen wetenschappelijke voordelen. Het zijn rotsen die aan de buitenkant gewoon lijken, maar wanneer ze worden geopend, onthullen ze een holte in het midden gevuld met prachtige kristallen. De algemene wetenschappelijke consensus is dat amethist-geodes worden gemaakt in een proces in twee stappen. Ten eerste is er de vorming van de holte en dan de vorming van de kristallen.
Een amethist-geode is een holle rots met amethistkristallen langs de binnenwanden, dus eerst moet de holte worden gevormd. Dit kan overal gebeuren waar lava dichtbij het aardoppervlak is of was. Als gevolg hiervan zijn amethist-geodes op duizenden plaatsen over de hele wereld te vinden. De eerste stap in het natuurlijke proces dat amethistgeodes creëert, is de vorming van gasholten in lava. De gasholtes kunnen gevormd worden door bellen (net zoals de koolzuur bellen veroorzaakt in je frisdrank). Sommige wetenschappers theoretiseren dat de holtes ook kunnen worden gevormd wanneer afkoelende lava stroomt in de buurt van boomwortels of andere dingen die uit de grond steken. De verkoelende lava hardt volledig uit voordat deze zich rond de ontsluiting opvult, waardoor een holte ontstaat.
De holtes vullen zich vervolgens met een silicarijke vloeistof die sporen van ijzer bevat. Na verloop van tijd vormt deze vloeistof kristallen - zeszijdige piramides (rhombohedrons) van amethist. Kristallen met een kleur die varieert van licht lila tot diep paars worden gevormd wanneer er een spoor van ijzer in de vloeistof is, wat resulteert in amethist geodes.