Fossielen kunnen worden onderverdeeld in vijf soorten, op basis van hun conserveringsproces. Wanneer een organisme wordt begraven door sediment, kan het een fossiel achterlaten als het sediment in gesteente wordt veranderd. De indrukken die organismen in het gesteente achterlaten, zijn geen origineel materiaal zoals weefsel en skelet van het schepsel. Het organische materiaal wordt in de loop van de geologische tijd vervangen, getransformeerd of opgelost.
permineralisatie
Nadat een organisme is begraven, kunnen de lege ruimtes worden binnengedrongen door grondwater. Als het water rijk is aan mineralen, zullen ze neerslaan of kristalliseren in dezelfde vorm als het organisme. De kristallen vullen en vervangen het organisme, dat oplost. Als het organisme langzaam vervalt, kunnen zich meer kristallen vormen, wat een hoger detailniveau oplevert.
Mallen en afgietsels
Vaak wordt het organisme na verloop van tijd volledig verwijderd door ontbinding of verval. De holtes die ontstaan naarmate het organisme verdwijnt, kunnen gevuld raken met sediment. Als het organisme eenmaal verdwenen is, blijft er alleen een indruk achter in de rots. Als een fossiel een negatieve afdruk is van de buitenkant van een organisme, wordt er een schimmel gevormd. Als het organisme is ingevuld door sediment, dan is het een cast.
herkristallisatie
Als organisch materiaal niet wordt verwijderd, kan het worden gewijzigd om deel uit te maken van het fossiel. De hitte en druk van begraving in sediment kan de structuur van het oorspronkelijke materiaal van het organisme veranderen. Calcium in botten kan herkristalliseren tot calciet of aragoniet. De verbindingen in een organisme die worden herkristalliseerd, worden herschikt om nieuwe mineralen te vormen. Herkristallisatie komt het vaakst voor in botten of schelpen met een hoog calciumgehalte.
carbonisatie
Levende dingen bevatten grote hoeveelheden koolstof. Wanneer ze worden begraven en samengedrukt, kunnen ze veranderen in donkere zwarte vormen van het oorspronkelijke organisme. Intense hitte en druk pletten het fossiel en vervormen het. Bij voldoende warmte en druk wordt steenkool gevormd. Plantenbladfossielen worden onvervormd maar verkoold gevonden omdat ze plat liggen en tweedimensionaal zijn. Materiaal wordt niet verwijderd door carbonisatie, maar gewijzigd.
Bioimmuratie
Levensvormen groeien soms over elkaar heen. Het zeeleven zoals koraal creëert met elkaar verweven structuren die vaak andere stukken koraal of zeespons consumeren of omringen. Schimmels of holtes kunnen worden achtergelaten in de fossiele overblijfselen van koraal, die zelf afzonderlijke fossielen zijn. Een organisme zonder harde schaal zal lege ruimtes achterlaten in het grotere wezen eromheen.