Zeer weinig bacteriën produceren endosporen. Slechts enkele van die soorten in de Firmicute-stam produceren endosporen, dit zijn niet-reproductieve structuren die DNA en een deel van het cytoplasma bevatten. Endosporen zijn geen echte sporen omdat ze geen nakomelingen van de bacterie zijn. Endosporen worden gevormd wanneer bacteriën worden blootgesteld aan extreme of ongunstige omgevingsomstandigheden. Ze kunnen lange tijd overleven, zelfs als ze geen voedsel meer hebben en wanneer ze worden blootgesteld aan chemicaliën en temperaturen die normaal de bacteriën zouden doden.
Bacillus Bacteriën
Bacteriën in het geslacht Bacillus zijn de meest bestudeerde van alle endospore-producerende bacteriën. Bacillus-bacteriën zijn divers en gedijen in veel verschillende omgevingen. De endosporen van deze bacterie zijn zeer giftig voor veel organismen, waaronder de mens. De ziekteverwekker Bacillus anthracis is een bekend toxine dat zowel door wetenschappers als terroristen is gebruikt. Er zijn echter veel andere soorten Bacillus.
Clostridium-bacteriën
Net als andere soorten endosporenproducerende bacteriën, zijn Clostridium-bacteriën grampositief, wat aangeeft dat ze vergelijkbare kenmerken hebben, zoals de celwandstructuur. Gram-positieve bacteriën zijn gevoelig voor dezelfde of nauw verwante antibiotica. Bacteriën in het geslacht Clostridium zijn verantwoordelijk voor een breed scala aan menselijke ziekten, variërend van milde voedselvergiftiging tot botulisme, evenals tetanus en gasgangreen.
Desulfotomaculum-bacteriën
Net als andere endosporenproducerende bacteriën, zijn bacteriën in het geslacht Desulfotomaculum ook verantwoordelijk voor voedselbederf en ziekte. Desulfotomaculum-bacteriën kunnen ervoor zorgen dat slecht ingeblikt voedsel bederft. Waar ze in overvloed aanwezig zijn, produceren ze een onaangename zwavelachtige geur.