Cambodja heeft het op twee na hoogste percentage ontbossing ter wereld, gemotiveerd door houtoogst en kaalslag voor de landbouw. Ontbossing vernietigt habitats en verstoort het evenwicht van delicate tropische bodems. Zonder bomen die de grond op zijn plaats houden en organische stof aanvullen met bladafval, erodeert de grond snel en verliest veel van zijn vruchtbaarheid in de eerste paar jaar van de teelt.
De kustecosystemen van Cambodja, waarvan vele mangrovebossen die belangrijke paaiplaatsen voor vissen en bescherming tegen overstromingen bieden, worden door verschillende factoren bedreigd. Kustecosystemen worden verstikt door sediment dat is losgespoeld uit recent ontboste gebieden in het binnenland. Deze wateren bevatten ook gevaarlijke pesticiden en meststoffen. Slecht gereguleerde garnalenkwekerijen zorgen ervoor dat mangroven worden gekapt en overtollige voedingsstoffen in het water terechtkomen, wat leidt tot overgroei van algen en verstoring van het ecosysteem.
Terwijl Cambodja industrialiseert, trekken mensen massaal naar stedelijke gebieden, die te snel groeien om de sanitaire infrastructuur bij te houden. Veel gebieden hebben geen riolering, of werken op zijn best niet goed. Riolering en industrieel afvalwater vervuilen in veel stedelijke gebieden het grond- en oppervlaktewater. Gevaarlijk vast afval vindt vaak zijn weg naar open stortplaatsen waar het kan uitspoelen naar het grondwater of door de wind kan worden weggeblazen.