Gēla elektroforēzes laikā DNS vai olbaltumvielu paraugi tiek atdalīti - parasti pamatojoties uz lielumu -, izmantojot elektrisko lauku, kas liek tiem migrēt caur gēlu. Gēla elektroforēzes izmantošana biomedicīnas pētījumu laboratorijās ir ikdiena un tiek izmantota, lai atbildētu uz dažādiem jautājumiem, tāpēc nav īsti universāla rezultātu analīzes veida.
Dažādi paņēmieni, piemēram, Western blotting, Northern blotting un Southern blotting, ietver visus gēla elektroforēze.
Ja jūs darāt agarozes želeja DNS paraugu elektroforēze, visizplatītākā procedūra, jums parasti jāveic vismaz divas lietas: 1) jānošķir nesagrieztas plazmīdas no ieliktņiem, nikētās plazmas un sagrieztās plazmīdas un 2) aplēš dažādu DNS fragmentu lielumu ar standarta līkni Excel vai kalkulators.
Pārbaudiet laboratorijas piezīmju grāmatiņu, lai noteiktu, kuri paraugi uz kurām joslām tika ielādēti. Kad esat ielādējis urbumus savam gēlam, jums vajadzētu atzīmēt katra joslas / parauga identitāti.
Izmantojot lineālu, izmēra attēla attālumu no akām līdz izsekošanas krāsai, kas to izdarīs ir ceļojuši tālāk par jebkuru no DNS joslām (citiem vārdiem sakot, tie atradīsies gels). Pierakstiet šo skaitli - izmantotās vienības nav svarīgas.
Izmēriet attēla attālumu no akām līdz katrai "kāpņu" joslai, pēc tam daliet šo attālumu ar nobraukto attālumu izsekošanas krāsviela grupa. Šis aprēķins sniedz katras joslas relatīvo mobilitāti.
Piemērs: Pieņemsim, ka izsekošanas krāsas josla ir ceļojusi 6 collas, un mums ir trīs joslas, kuru ceļojums ir 5, 4,5 un 3,5 collas.
Kāda ir viņu relatīvā mobilitāte? Atbilde: Mēs dalām 5, 4,5 un 3,5 ar 6, lai iegūtu relatīvo mobilitāti 0,833, 0,75 un 0,5833.
Ražotājs norāda katra piegādāto kāpņu fragmenta izmēru, tāpēc jums jau vajadzētu būt šai informācijai.
Izmantojiet izklājlapu programmas Trendline funkciju, lai datiem pielīdzinātu vienādojumu. Šim vienādojumam jābūt jaudas vienādojumam (piemēram, x ^ -2), un tam jābūt samērā labi atbilstošam datiem (R koeficients ir vismaz 0,9). Tādējādi tiek izveidota līkne un standarta līkne Excel.
Atcerieties, ka mazāki DNS fragmenti caur gēlu pārvietojas tālāk nekā lieli DNS fragmenti, tāpēc tie, kas atrodas vistuvāk izsekošanas krāsvielai, būs vismazākie. Tomēr ņemiet vērā, ka, ja plazmīds (riņķveida) DNS ir nesagriezta, tā kļūs "pārspīlēta" vai savīti kā telefona vads, kas faktiski liks tai ceļot tālāk nekā tāda paša izmēra lineārā DNS.
Tāpat arī nepilnīgi sagriezta "iesaukta" plazmīda ceļos a īsāks attālums nekā tāda paša izmēra lineārā DNS. Līdz ar to jūs nevarat novērtēt nesagriezto plazmīdu lielumu no sava gela.
Saskaņojiet joslas katrā joslā ar tajā joslā ielādētā parauga identitāti un nosakiet, vai tas, ko redzat, ir tas, ko jūs būtu gaidījis. Tas būs atkarīgs no jūsu eksperimenta veida.
Tomēr, ja jūs sagremojat ieliktņa plazmīdu ar diviem restrikcijas enzīmiem, jūs varētu sagaidīt, ka ieliktnis tiks atbrīvots no plazmīdas.
Tā kā tā ir daudz mazāka nekā plazmīds, jūs varētu sagaidīt, ka šajā joslā redzēsit divas joslas, vienu tuvu augšai, otru leju tuvu apakšai. Plazmīdai, kas sagriezta tikai ar vienu restrikcijas enzīmu, vajadzētu veidot tikai vienu joslu, kas pārvietojas nedaudz tālāk nekā plazmīda, kas sagriezta ar diviem restrikcijas fermenti, bet ne tuvu tik tālu kā ieliktnis.
Izmēriet attālumu no iedobēm līdz sagrieztai plazmīdai un ar lineālu ievietojiet joslas. Sadaliet šos skaitļus pēc attāluma, ko veica izsekošanas krāsa, lai atrastu ieliktņu un sagrieztu plazmīdu relatīvo mobilitāti.