Mikroskops tiek izmantots dažādās zinātniskās jomās, dažādiem mērķiem. Neatkarīgi no tā, vai tas notiek kriminālistikā vai tradicionālajā medicīnas zinātnē, mikroskops ir neaizstājams instruments.
Audu analīze
Histologi parasti mēdz pētīt šūnas un audus, izmantojot mikroskopu. Piemēram, ja analīzei tiek ņemta audu daļa, histologi var izmantot mikroskopu kombinācijā ar citiem rīkiem, lai noteiktu, vai paraugs ir vēzis.
Kriminālistikas pierādījumu pārbaude
Nozieguma vietā savāktajos pierādījumos var būt informācija, kas nav redzama ar neapbruņotu aci. Piemēram, svītras lodēs var pārbaudīt mikroskopā, lai noskaidrotu, vai tās sakrīt ar lodēm, kas izšautas no konkrēta ieroca.
Ekosistēmas veselības noteikšana
Lauka biologi parasti uzrauga noteiktas ekosistēmas, piemēram, strauta, izmantojot mikroskopus, lai noteiktu organismu skaitu un daudzveidību noteiktā reģionā laiks.
Pētot olbaltumvielu lomu šūnā
Pētnieki atklāj, ka mikroskopi ir nenovērtējams līdzeklis, pētot olbaltumvielu darbību šūnās. Izmantojot mūsdienu tehnoloģiju, daudzus proteīnus var marķēt ar atzīmi un pētīt dzīvās šūnās.
Atomu struktūru izpēte
Jaudīgi mikroskopi, piemēram, atomu spēka mikroskopi, ir palīdzējuši zinātniekiem izpētīt atsevišķu atomu virsmas.