Ģenētiski modificētās kultūras ietver kukurūzas, kokvilnas un kartupeļu šķirnes. Šiem augiem to baktērijā ir ievietots Bacillus thuringiensis (Bt) baktēriju gēns. Bt gēns kodē toksīna sintēzi, kas iznīcina kukaiņu kāpurus. Citas kultūras ir ģenētiski modificētas, lai izturētu noteiktu herbicīdu. Lai gan šīs kultūras var potenciāli barot pasaulē augošo populāciju, tās nopietni apdraud arī dabisko organismu daudzveidību vai bioloģisko daudzveidību.
Herbicīdu lietošana
Herbicīdi ir toksiski daudzām sugām. Ja herbicīdu lieto lauksaimniecības ainavās, kaitīgās ķīmiskās vielas nonāk dabiskās ekosistēmās. Daudzi uzskata, ka pret herbicīdiem izturīgas kultūras veicina pastiprinātu herbicīdu izmantošanu, un, lietojot vairāk herbicīdu, vēl vairāk ķīmisko vielu nonāk dabiskās sistēmās. Šīs ķīmiskās vielas iznīcina vietējos augus, kas tieši baro dzīvniekus un saslimst abiniekus, izraisot bioloģiskās daudzveidības samazināšanos.
Ārpus šķērsošanas
Kad ģenētiski modificēto kultūru gēni nonāk vidē, tie var izjaukt dabisko augu kopienas, apdraud bioloģisko daudzveidību un nonāk cilvēku barībā. 2000. gada septembrī StarLink Amerikas Savienotajās Valstīs tako čaumalās tika atklāta cilvēku uzturam neapstiprināta kukurūzas Bt šķirne. Turpmāko mēnešu laikā StarLink tika atklāts arī dažādos dzeltenās kukurūzas izstrādājumos, daži ārpus valsts. Sākumā daži audzētāji tika turēti aizdomās par to, ka viņi ignorēja vienošanās nepārdot StarLink dzirnavām. Tomēr intervijās ar audzētājiem atklājās, ka daudzi vai nu nav saņēmuši skaidrus norādījumus nepārdodot StarLink dzirnavām, vai arī viņiem tika paziņots, ka neapstiprināto šķirni apstiprinās līdz ražas novākšanai laiks. Precīzi punkti, kuros StarLink ienāca piegādes līnijā, joprojām nav zināmi, un saskaņā ar Cornell Cooperative Extension sēriju Gēnu inženierijas organizāciju sabiedrisko jautājumu izglītības projekts, iespējams, ir iekļuvis vairāk nekā pusē ASV kukurūzas piederumi.
Herbicīdu rezistence
Teritorijas, kurās rodas kultūraugu sugas, ir īpaši neaizsargātas pret pļaušanu ar vietējām šķirnēm. Meksikā, kur pastāv vairāk nekā 100 unikālu kukurūzas šķirņu, ģenētiski modificēta kukurūza ir aizliegta. Neskatoties uz aizliegumu, Meksikas kukurūzā ir atrasti gēni no ģenētiski modificētas kukurūzas. Augu ģenētiķi U.C. Riverside ir parādījusi, ka gēns plūst no daudzām tradicionāli audzētām kultūrām palielina nezāļu savvaļas radiniekos, un ir daži gadījumi, kad kultūraugi ir kļuvuši nezāles. Paaugstināta nezāļu satraukums rada bažas, kad ģenētiski modificētie augi spēj pārspēt citas sugas ražojot vairāk sēklu, tālāk izkliedējot ziedputekšņus vai sēklas vai intensīvāk augot konkrētās videi. Transgēnās saulespuķes var radīt par 50 procentiem vairāk sēklu nekā to tradicionālie kolēģi un daži pētnieki ir noraizējušies, ka ģenētiski modificētie augi var pakāpeniski izspiest vērtīgo ģenētisko daudzveidība.
Bt toksīns
Toksīni, ko ražo ģenētiski modificētas kultūras, apdraud bioloģisko daudzveidību, un saskaņā ar Sjerras kluba teikto gēnu inženierija būtu jāuzskata par videi bīstamu. Kornela universitātes pētījums parāda, ka Bt toksīns iznīcina labvēlīgu, nemērķa sugu, piemēram, kodes un tauriņu, kāpurus. Līdzīgi pētījumi liecina par citu labvēlīgu sugu, tostarp mežģīņu un mārīšu, samazināšanos. Toksīns saglabājas arī Bt kukurūzas sakņu sistēmās un augu atliekās ilgi pēc kultūraugu novākšanas un var radīt kaitīgas sekas miljoniem mikroorganismu, kas dzīvo augsnē un uztur to auglība. Kad Bt toksīns saistās ar augsnes daļiņām, tas var saglabāties divus līdz trīs mēnešus. Tas var negatīvi ietekmēt ūdens un augsnes bezmugurkaulniekus, kā arī barības vielu aprites procesus, kas notiek baktēriju sugās.