Klonēšana ir karsts ētikas jautājums zinātnieku aprindās, taču baktērijas klonējas visu laiku. Procesā, ko sauc par bināro šķelšanos, viena baktērija divkāršo tā lielumu un ģenētisko materiālu, pēc tam sadalās, lai iegūtu divas identiskas šūnas.
Binārā šķelšanās ir salīdzinoši vienkāršs process, salīdzinot ar eikariotu šūnu dalīšanos jeb mitozi. Pirmkārt, baktērija kopē savu DNS - ģenētisko materiālu, kas baktērijās ir apļveida. DNS sniedz visu nepieciešamo informāciju identiskas šūnas izveidošanai. Pēc tam DNS tiek atdalīts pretējos šūnas galos, un šūnas dalīšanai nepieciešamie proteīni šūnas centrā. Baktērija parasti divkāršo arī intracelulāro šķidrumu, ko sauc par citoplazmu. Olbaltumvielas šķeļ šūnu divās daļās, un vairumā baktēriju, lai pabeigtu dalīšanos, tiek uzcelta jauna šūnu siena.
Binārā šķelšanās priekšrocība no baktēriju viedokļa ir tā, ka tā ir ātra un vienkārša. No slimību kontroles un profilakses viedokļa binārā šķelšanās ir izdevīga, jo tā vienkāršo zāļu ražošanu. Parasti baktēriju infekcijas ārstēšanai ir nepieciešamas tikai vienas zāles, jo visas baktērijas ir identiskas un reaģēs vienādi. Diemžēl, tomēr dažām baktērijām mutācijas rezultātā rodas zāļu rezistence, kas infekciju ārstēšanu padara daudz grūtāku.