Filoģenētiskais koks ir evolucionāru attiecību grafisks attēlojums, kas parāda, kā organismi, iespējams, varēja atšķirties no kopēja priekšteča. Iepriekš tas tika darīts, salīdzinot dzīvo organismu un fosiliju anatomiju un fizioloģiju, taču tagad parasti tiek izmantota ģenētiskā informācija, kas iegūta no DNS nukleotīdu sekvencēm. Organismus ar nelielu līdzību var atrast uz atsevišķiem filoģenētiskā koka “zariem”, un tie, kuriem ir īpašas kopības, atrastos uz viena un tā paša zara “zariem”. Filoģenētiskais koks ir metode, kā izprast sugas un organismu evolūcijas izmaiņas.
Attiecību salīdzināšanai izvēlieties modeļa organismu. To var izdarīt ar sugu, šķirni vai nukleotīdu secību, kas pārstāv organismu. Organisma piemērs varētu būt govs. Pārējais koks parādītu, cik govs ir cieši saistīta ar citiem organismiem, pamatojoties uz ģenētiskajām īpašībām.
Izvēlieties ārgrupu. Ārgrupa ir mazāk cieši saistīts organisms vai ļoti atšķirīga nukleotīdu secība. Ja paraugorganisms ir govs, tad iespējamā pārgrupa būtu zivs. Jo vairāk dažādu divu organismu ir, jo tālāk filoģenētiskajā kokā uz leju būs to atšķirīgais atzarojuma punkts. Laiks tiek attēlots ar vecāko datumu diagrammas apakšdaļā, un šī diena ir diagrammas augšdaļā. Zaru izvietojums aptuveni parāda, kad agrāk kāda evolūcijas iezīme senču organismu, iespējams, mainīja dažādās sugās.
Nosakiet raksturojumu kopumu, ko izmantot salīdzināšanai. Piemēri: "ir četras kājas", "košļājamās cud", "dzemdē dzīvu dzīvi" vai "aug matus". Nukleotīdu sekvences ir tikai DNS alfabētiskie attēlojumi, kas nosaka raksturlielumus, tāpēc cita iespēja būtu: "satur secību ATGGACACGGA. "
Sadaliet organismus, pamatojoties uz īpašībām. Kad vienā organismā nav vēlamās pazīmes, filoģenētiskajā kokā tiek izveidots zars. Raksturīgajam “ir četras kājas” govis, aitas un brieži visi atradīsies uz viena zara, bet zivis - uz atsevišķa zara. Ielīmējiet govs attēlu vai secību plakāta dēļa augšējā stūrī, bet zivis - pretējā stūrī un velciet no tām divas līnijas līdz papīra pamatnei krustojošā V formā.
Turpiniet atdalīt paraugorganismus vai nukleotīdu secības, līdz katram piemēram ir viena atdalīšana no zara uz zaru. Pazīme “ir vilna” atdalītu aitas no stirnām un govīm uz viena zara. Novietojiet aitas attēlu pie zivs attēla un uzzīmējiet līniju, kas savienojas V formā līdz govs zaram. Izmantojot raksturlielumu "ir pūkaina aste", govs tiktu norobežota no briežiem. Ielīmējiet brieža attēlu starp govi un aitu un velciet citu līniju V formā, kas krustojas virs zivju un aitu līnijām. Kad katrai sugai ir viens zars, filoģenētiskais koks ir pabeigts.