Varbūt vissvarīgākais veids, kā pelējuma sporas atšķiras no baktēriju endosporām, ir tas, ka pelējums tiek klasificēts kā tā sauktās augstākās sēnes. Kā tādi tie raksturo to, ko biologi sauc par eikariotu šūnu tipu. Baktēriju endosporas, no otras puses, veidojas no baktērijām, kuras kā grupas tiek klasificētas kā prokariotu šūnu tipa. Atšķirība starp prokariotu un eikariotu šūnām ir fundamentāla bioloģijā. Vienkāršāk sakot, baktēriju šūna strukturāli ir daudz vienkāršāka.
Eikariotu šūna - tāpat kā pelējuma sporās - ir piepildīta ar šūnu struktūru kompleksu, ko sauc par organelliem. Organelles veic visu veidu šūnu funkcijas, un viens no visuzkrītošākajiem organelliem ir kodols. Pelējuma sporu eikariotu šūnu kodols satur DNS, kas ļauj šūnai funkcionēt un vairoties. Tas ir pretstatā baktēriju endosporām, kurās DNS šūnas citoplazmā ir vairāk vai mazāk brīva.
Bez kodola eikariotu pelējuma sporas šūna satur tādus organoīdus kā endoplazmatiskais tīklojums vai ER. ER būtībā ir kā salocītu membrānu labirints, kurā tiek veikti daudzi šūnai vitāli svarīgi bioķīmiskie procesi. Pelējuma sporās ER ir savienots ar kodola apvalku, membrānu, kas ieskauj šūnas kodolu. Baktēriju endosporās šāda vienošanās trūkst.
Baktēriju endosporām praktiski nav šūnu izsmalcinātības līmeņa, kas atrodas eikariotu pelējuma sporās. Vēl viena atšķirība starp baktēriju endosporām un pelējuma sporām - papildus to būtiskajai šūnu tipa atšķirībai - ir to loma viņu organismu dzīves vēsturē. Baktēriju endospors ir izturīga struktūra, kas veidojas baktērijas šūnā. Atšķirībā no pelējuma sporām, baktēriju endospors ir īpaši pielāgots, lai izturētu nelabvēlīgus vides apstākļus. Baktēriju endosporu galvenā iezīme ir savienojums, ko sauc par dipikolīnskābi. Šis savienojums, kaut arī tas nav izplatīts pelējuma sporās, ir noderīgs, lai izplatītu baktēriju endosporu izturību pret nelabvēlīgiem vides apstākļiem.
Starp baktēriju endosporām un pelējuma sporām ir daudz citu atšķirību. Lielākajai daļai no tiem atkal ir sakars ar fundamentālu atšķirību starp eikariotu un prokariotu šūnām. Daudzi citi organoīdi, izņemot jau aprakstītos, atrodas pelējuma sporā, bet nav baktēriju endosporā. Tie ietver struktūru, ko sauc par Golgi aparātu, un citas, piemēram, tā saukto nukleolu. Kodols ir struktūra eikariotu šūnu kodolā, un tā aktīvi darbojas olbaltumvielu sintēzē, kas ir kritiska šūnu funkcijai. Baktēriju endosporas veic daudzas tās pašas būtiskās dzīves funkcijas kā pelējuma sporas, taču to dara bez pelējuma sporā esošo izsmalcināto organožu priekšrocībām.