Elpošana sastāv no virknes reakciju, kas galvenokārt notiek augu šūnu mitohondrijos. Elpošana pārveido skābekli un fotosintēzes laikā radītos cukurus oglekļa dioksīdā, ūdenī un enerģijā. Papildus augu tipam vairāki šūnu faktori ietekmē augu šūnu elpošanas ātrumu.
Audu vecums / dzīves posms

Jaunākiem audiem ir lielāks elpošanas ātrums nekā vecākiem audiem. Tātad saknes galam un jaunajām lapām ir lielāks elpošanas ātrums nekā vecākiem sakņu segmentiem un lapām.
Kad sēkla pirmo reizi absorbē ūdeni, šūnu elpošanas ātrums strauji palielinās, bet pēc aptuveni 20 minūtēm izlīdzinās.
Nogatavojušies augļi izraisa elpošanas aktivitātes uzliesmojumu, kas beidzas, kad augļi sasniedz maksimālo gatavību.
Temperatūra
Elpošanas ātrums augu šūnā samazinās, kad temperatūra pazeminās, līdz elpošana gandrīz vai pilnībā apstājas ap sasalšanas temperatūru. Elpošana palielinās, paaugstinoties temperatūrai, līdz tiek sasniegta ļoti augsta temperatūra, kā rezultātā audi pasliktinās.
Temperatūra ļoti ietekmē elpošanu uzturēšanai (daudz vairāk nekā augu augšanai veltītās šūnas). Augiem mērenā klimatā ziemā ir daudz zemāks elpošanas ātrums nekā siltās vasarās.
Augļu elpošanas ātrumu var kontrolēt, uzglabājot augļus vēsās, sausās vietās. Zemāka uzglabāšanas temperatūra spēj palēnināt augļu elpošanu un nogatavošanos.
Skābeklis
Elpošana samazinās, samazinoties pieejamam skābeklim. Apstākļos, kad skābekļa nav, piemēram, slikti nosusinātā augsnē, notiek anaerobā elpošana (fermentācija). Anaerobās elpošanas rezultātā rodas oglekļa dioksīds, nedaudz enerģijas un etanols. Šāda veida elpošana tiek izmantota arī spirtu radīšanai.
Elpošanas ātrums lielākajai daļai augu sasniedz maksimālo skābekļa līmeni atmosfērā.
Oglekļa dioksīds
Oglekļa dioksīds, viens no elpošanas vienādojuma atkritumiem, ietekmē arī elpošanu. Jo augstāka ir oglekļa dioksīda koncentrācija, jo mazāks ir elpošanas ātrums.
Bojājumi
Elpošana palielinās gan tieši inficētās, gan apkārtējās šūnās, ja augu audi ir bojāti vai inficēti. Bieži vien, ja ābolā ir tārpu caurums, to ieskauj mazs brūns sasitums - tas norāda uz pastiprinātu elpošanu bojāto šūnu apvidū.
Ūdens trūkums
Sausiem audiem ir mazāks elpošanas ātrums nekā hidratētiem audiem. Lai gan sausumam ir daudz lielāka ietekme uz fotosintēzes procesu augu šūnās, pieejamā ūdens trūkums negatīvi ietekmē arī elpošanu.
Pieejamie cukuri

Pieejamo cukuru palielināšanās fotosintēzes rezultātā parasti palielina elpošanas ātrumu. Elpošanas biežums lapotnes augšdaļā bieži ir augstāks nekā apakšējā lapotnes lapās, jo augšējās lapotnes lapās rodas vairāk cukura.