Saldūdens un jūras vide iezīmē primāru pārrāvumu ūdens ekosistēmās; jūras vidē ir augsts sāļuma līmenis (sāls koncentrācija), savukārt saldūdens apgabalos parasti ir mazāk nekā 1 procents. Saldūdens ekosistēmas ietver dīķus un ezerus, kā arī upes un straumes. Jūras ekosistēmās ietilpst okeāni un koraļļu rifi.
Dīķi un ezeri
Dīķi un ezeri ir samērā nekustīgi ūdenstilpes ar nelielu straumi vai bez tās, parasti izolēti no citām ūdenstilpēm, piemēram, upēm un okeāniem. Tie ir sadalīti trīs atšķirīgās zonās: piekrastes, limnētiskā un dziļā zonā. Piekrastes zona ir tā, kas ir vistuvāk krastam. Ar lielu saules gaismas un seklu ūdeņu iedarbību šī teritorija parasti ir bioloģiski daudzveidīgākā teritorija noteiktā ezerā vai dīķī, mājvieta vairākām abinieku, ūdens putnu, vēžveidīgo, kukaiņu, zivju un aļģu sugām, kā arī peldošām un sakņotām augi. Limnētiskā zona ietver ezera / dīķa teritoriju, kas atrodas tālāk no krasta, bet vistuvāk ūdens virsmai. Šī teritorija ir mazāk daudzveidīga nekā piekrastes zona, bet daudz vairāk nekā dziļā zona, jo tai ir augsta saules iedarbība. Dzemdes zona ietver dīķa vai ezera dziļāko zonu. Zemes dzīvē gandrīz tikai dominē sadalošās baktērijas un planktons.
Upes un straumi
Upes un straumes ir kustīgi ūdenstilpi, kas plūst no avota, piemēram, avota vai kušanas ledāju, līdz grīvai, kas varētu būt pie okeāna, lielākas straumes vai upes vai kāda cita veida ūdenskrātuve. Ūdenim ceļojot no avota līdz mutei, ekosistēmas vide krasi mainās. Straumes vai upes avotam ir visaugstākais tīrības līmenis un skābekļa saturs. Visā ceļā straujais ūdens savā straumē savāc gružus; līdz brīdim, kad ūdens sasniedz muti, ūdens kļūst duļķains. Tā rezultātā maz saules gaismas iekļūst virsmā, un augu dzīvībai ir maz. Šādos apgabalos plaukst tādas zivju sugas kā sams, kas spēj izdzīvot zemā skābekļa apstākļos.
Okeāni
Okeāni ir vienas no visdažādākajām un ģeogrāfiski plašākajām ekosistēmām uz zemes. Okeāna ekosistēmas ir sadalītas četrās zonās: plūdmaiņu, pelaģisko, bentisko un bezdibenisko. Plūdmaiņu zona ietver reģionus, kur okeāna ūdeņi satiekas ar zemi. Šī zona ir ļoti dinamiska, pateicoties plūdmaiņu pastāvīgai darbībai. Parasti sugu daudzveidība ir lielāka plūdmaiņu zonās, kuras visbiežāk iegremdē ūdens. Līdzīgi kā ezeru limnētiskajā zonā, arī pelaģiskā zona ietver atklāto okeānu prom no krasta, tomēr tuvāk ūdens virsmai. Šajā reģionā dzīvo dažādas zivis, ūdens augi un lielāki zīdītāji. Bentiskais un bezdibenis ietver attiecīgi otro un dziļāko okeāna reģionu. Ārkārtējā spiediena, tumsas un aukstās temperatūras dēļ šajās zonās ir ļoti dažādas dzīves formas. Lai izdzīvotu no pilnīga saules trūkuma, augi un baktērijas bezdibenī iegūst ķīmisko enerģiju no siltuma atverēm, kas atrodas zem okeāna dibena virsmas.
Koraļļu rifi
Koraļļu rifu ekosistēmas atrodas okeānā; bet fiziskā un bioloģiskā sastāva dēļ tie ļoti atšķiras no citām jūras ekosistēmām. Koraļļu rifi veidojas seklos ūdeņos ar siltu temperatūru. Daudzas no šīm ekosistēmām ir izveidojušās kontinentu krastos. Lai gan tas var šķist milzīgs klints, koraļļu rifs patiesībā sastāv no dzīvām dzīvnieku kolonijām, kas nostiprinās cietā, kalcija karbonāta apvalkā. Šīm kolonijām ir simbiotiskas attiecības ar zooxanthellae, aļģu veidu, kas gan dzīvo iekšpusē, gan nodrošina barību koraļļiem. Lai gan koraļļu rifi tie aptver salīdzinoši nelielu platību, tie ir vieni no bioloģiski daudzveidīgākajām ekosistēmām uz zemes. Milzīgi dažādi sūkļi, vēžveidīgie, jūras anemoni, zivis, aļģes, ūdens augi un kukaiņi dzīvo tikai koraļļu rifu ekosistēmās.
