Ir daudz dažādu ekosistēmu veidu. Ūdens ekosistēmas veido lielu daļu pasaules ekosistēmu, un tās var klasificēt vai nu kā saldūdens, vai jūras ekosistēmas. Jebkura veida ekosistēmas iedzīvotāji tiks pielāgoti izdzīvošanai konkrētajos apstākļu kopumos, ko piedāvā šī ekosistēma.
Ekosistēma ir kopiena, kuru satur sarežģīta mijiedarbība starp biotiskajiem un abiotiskajiem faktoriem noteiktā apgabalā. Ekosistēmas biotiskie faktori ir dzīvās daļas, piemēram, augi, dzīvnieki, baktērijas un sēnītes. Abiotiskie faktori ietver augsni, ūdeni un citus nedzīvus priekšmetus, kas atrodas vidē. Ekosistēma var būt tik liela kā tuksnesis vai maza kā plūdmaiņu baseins. Dzīvo būtņu būs tikai tik daudz, cik var nodrošināt ar pārtikas piegādi. Mijiedarbība, piemēram, plēsējs-upuris un barības tīmekļa attiecības, nosaka ekosistēmas populāciju. Katrai dzīvai būtnei ir jāpilda sava loma, kas veicina ekosistēmas vispārējos panākumus un izdzīvošanu.
Termins jūras nozīmē ekosistēmu, kas saistīta ar okeāniem. Saskaņā ar Vides aizsardzības aģentūras (EPA) datiem jūras ekosistēmas veido aptuveni 70 procentus no visas pasaules ekosistēmām. Jūras ekosistēmas ir unikālas, jo ūdenī ir suspendēti izšķīdināti savienojumi, īpaši sāls. Dažādi jūras ekosistēmu tipi apdzīvo tik mazus organismus kā mikroskopisko planktonu un tikpat lielus kā vaļus. Jūras ekosistēmas ietver okeānus, grīvas un sāls purvus, koraļļu rifus, mangrovju mežus, lagūnas, brūnaļģes jūraszāļu gultnes un plūdmaiņu zonu, kas stiepjas uz pludmalēm.
Ir daudz saldūdens ekosistēmu veidu. Upes, ezeri, dīķi un straumes ir visizplatītākie saldūdens avoti. Ūdenskrātuves, mitrāji un gruntsūdeņu avoti tiek uzskatīti arī par saldūdens ekosistēmām. Saldūdens ekosistēmās ūdenī nav tādas pašas izšķīdušas vielas kā jūras ekosistēmās, tāpēc tur dzīvojošie dzīvnieki un augi jūras ekosistēmā neizdzīvotu. Tā kā saldūdens nesatur sāli, tas ir vairāk pakļauts sasalšanai un atkausēšanai. Saldūdens augi un dzīvnieki ir pielāgojušies, lai izdzīvotu šajā procesā. Viņiem ir arī elpošanas struktūras, kas īpaši pielāgotas saldūdenim, un ir attīstījušās reproduktīvās un barošanās uzvedības, kas ļauj viņiem veiksmīgi izdzīvot savā vidē.