Ekosistēma apraksta visus dzīvos organismus (biotiskās sastāvdaļas) ar to fizisko apkārtni (abiotiskās sastāvdaļas) noteiktā apgabalā. Kopiena apraksta tikai dzīvos organismus un to mijiedarbību savā starpā.
Ekosistēmas nedzīvās daļas, piemēram, barības vielas, temperatūra un ūdens pieejamība, veido ekosistēmas abiotiskos komponentus.
Visi ekosistēmas dzīvie organismi, piemēram, augi, dzīvnieki un mikrobi, ir ekosistēmas biotiskie komponenti.
Mijiedarbību starp populācijām ekosistēmā raksturo ieguvums vai kaitējums, ko mijiedarbībā nodara katrai sugai. Šīs mijiedarbības ir saistītas ar nišu, kuru suga aizņem ekosistēmā.
Niša apraksta iedzīvotāju īpašo lomu ekosistēmā. To var definēt pēc to mijiedarbības ar citiem organismiem (piemēram, plēsējiem vai upuriem) vai ar lomu, kas tiem ir barības vielu apritē (piemēram, primārais ražotājs vai sadalītājs).
Ekosistēmām, kas bagātas ar bioloģisko daudzveidību (daudz dažādu sugu), parasti ir ļoti specializētas nišas. Zemas bioloģiskās daudzveidības dēļ ir pieejamas dažas sugas, lai aizpildītu katru nišu. Tādējādi bagātīgā ekosistēmā viena organisma zaudēšanai vai samazināšanai var būt mazāka ietekme uz kopējo ekosistēmu kā citi organismi aizpilda tukšumu nekā sliktā ekosistēmā, kur, lai to izpildītu, var nebūt pieejama cita populācija lomu. Piemēram, ja noteiktas plēsīgo sugu skaits ir samazināts, tai ir mazāka ietekme uz plēsējiem, ja ir pieejamas citas laupījumu sugas.