Jebkura veida piesārņojums negatīvi ietekmē vidi un tajā mītošos augus. Piesārņojumam ir daudz avotu, sākot no eļļas atkritumu tiešas novadīšanas ūdensceļos līdz gaisa piesārņojumam no automašīnu izplūdes gāzēm. Daži efekti ir īslaicīgi un viegli mazināmi. Cita ietekme ir ilgstoša, piesārņojošām vielām saglabājoties vidē vai akumulējoties augu audos. Fotosintēze ir būtisks process ekosistēmā. Izmantojot saules gaismu, oglekļa dioksīdu un ūdeni, augi ražo pārtiku un enerģiju ķīmiskā procesā, kas notiek augu lapās.
Ozons un lapas
Gāzes apmaiņa caur lapu porām vai stomātiem nodrošina nepieciešamo oglekļa dioksīdu fotosintēzei. Tomēr 1980. gada pētījumā, kas publicēts Cellular and Molecular Life Sciences, tika atklāts, ka gaisa piesārņojums samazina stomu izmēru, traucējot gāzes apmaiņu. Nepietiekams oglekļa dioksīda daudzums var palēnināt vai apturēt fotosintēzi. To vēl vairāk apstiprina 2004. gada pētījums, kurā atklāts, ka gaisa piesārņojums samazina ražas ražu.
Nonpoint avota piesārņojums
Nepiesārņojošais piesārņojums ir piesārņojums, kas nāk no daudziem dažādiem avotiem un nokļūst vidē caur virszemes ūdens noteci. Saskaņā ar ASV Vides aizsardzības aģentūras (EPA) datiem lauksaimniecības noplūde ir galvenais šāda veida piesārņojuma avots. Notekūdeņi ievada pesticīdus un mēslošanas līdzekļus ūdensceļos. Dažreiz efekts ir tūlītējs, un augi ātri mirst. Augsts fosfora līmenis no mēslošanas līdzekļiem var izraisīt aļģu ziedēšanu. Aļģu ziedēšana izveido scenāriju, kurā fotosintēze palēninās un beidzot apstājas, jo ūdenī samazinās izšķīdušā skābekļa līmenis un duļķainie ūdeņi kavē saules gaismas plūsmu ūdens vidē.
Augsnes piesārņojums
Augsnes piesārņojums ietekmē fotosintēzi sakņu līmenī. Skābs lietus, ko izraisa fosilā kurināmā emisija, palielina augsnes skābumu, kā rezultātā rodas ķīmiska viela, radot toksiskus alumīnija jonus. Šie joni kavē auga spēju uzņemt barības vielas, tādējādi palēninot fotosintēzes procesu un kopējo auga augšanu.
Siltumnīcas efekts
Siltumnīcas efekta radītais zemes līmeņa ozons var radīt nelabvēlīgus apstākļus fotosintēzei. Siltumnīcas efektu izraisošo gāzu, piemēram, oglekļa dioksīda, koncentrācija novērš izstarojošā siltuma izdalīšanos no vides. Virsmas temperatūra paaugstinās, palielinot iztvaikošanas ātrumu. Ūdens kļūst par ierobežojošu faktoru. Lai saglabātu dārgos resursus, augi slēgs savus stomatus, samazinot oglekļa dioksīda pieejamību rūpnīcai. Ar ierobežotu oglekļa dioksīdu un ūdeni fotosintēze palēninās.
Fizisks bojājums
Piesārņojums var traucēt auga spēju iziet fotosintēzi, fiziski sabojājot lapas tur, kur tas notiek. Ozons izraisa stāvokli, ko sauc par hlorozi, kurā augu lapas no nepietiekama hlorofila līmeņa kļūst dzeltenas. Hlorofils ir vitāli nepieciešams, lai notiktu fotosintēze. Ja līmenis pazemināsies, samazināsies arī fotosintēze. Lielā koncentrācijā piesārņojums var iznīcināt augu struktūras, kā rezultātā augi pārtrauks pārtikas ražošanu, lai tiktu galā ar vides stresu.