Dzīve ir uzplaukusi Kostarikas lietus mežos un jūras vidē (viena no 20 visām augu un dzīvnieku sugām var atrast Kostā Rica), taču Starptautiskajā Dabas un dabas resursu aizsardzības savienībā ir arī vairāk nekā 100 sugu, kuras ir apdraudētas sarakstā. Mežu izciršana, biotopu pārveidošana un piesārņojums ir vainīgi daudzu sugu vājināšanās pamatā.
Zīdītāji
Kostarikā ir viena no bagātākajām sikspārņu populācijām pasaulē, ko veido puse zīdītāju. Sikspārņu sugas sarakstā ir no lielajiem plēsonīgajiem spektrālajiem sikspārņiem līdz Hondurasas baltajiem sikspārņiem, tikai aptuveni 37 līdz 47 mm gariem, lai gan abiem ir zems risks. No viņiem padzīti tādi felīni kā mazais plankumainais kaķis, Kostarikas puma un Centrālamerikas jaguārs dzīvotņu un tamontīna, apmetņainā gaudotāja un Džofroja zirnekļpērtiķu primātu skaits ir ievērojami samazinājies. Citi apdraudētie zīdītāji ir milzīgais skudrulācis, Sambaras briedis un Bairda tapīrs.
Putni
Kostarikā dzīvo 894 putnu sugas, vairāk nekā ASV un Kanādā kopā. No tiem vairāk nekā 600 ir pastāvīgie iedzīvotāji, tostarp apdraudētais kails kakla lietussargs, melnais guans un zilgani zeltainais tanagers, bet putni, piemēram, cerulean warbler un elegants zīriņš, ir migrējoši. Kokosa salas žubīte dzīvo Kokosa salā 360 jūdzes no Kostarikas krastiem. Tas ir vienīgais no Darvina žubītēm, kas Galopagu salām nav pilnībā endēmisks. Citi apdraudētie putni ietver pazīstamas sugas, piemēram, ērglis (melnais vientuļais ērglis), arābs (lielais zaļais arābs), kolibri (mangrovju kolibri) un papagaili (sarkanpapagalvis).
Rāpuļi un abinieki
Piecu ķīļu iguāna ar šauru tiltu un dubļu bruņurupucis ir daži no rāpuļiem, kas ir apdraudēti, taču ir daudz vairāk apdraudēti abinieki, no kuriem lielākā daļa ir vardes vai salamandras, kuras parasti raksturo ļoti daudzveidīgs lietus mežs videi. Lemūras lapu varde un Starrett's treefrog ir uzskaitīti kā kritiski apdraudēti. Tāpat ir tārpu Elampalme salamandra un divas krupju sugas: pico blanco krupis un garāmgājēju krupis. Monte Verde zelta krupis nav redzēts kopš 1989. gada, un tiek uzskatīts, ka tas ir izmiris.
Zivis
Lielākā daļa apdraudēto sugu sarakstā iekļauto Kostarikas zivju ir vai nu gandrīz apdraudētas, vai arī ir neaizsargātas. To skaitā ir olīvu grupētājs, Klusā okeāna jūrzirgs un vainaga haizivs. Sarakstā ir arī vairāki stari, piemēram, buļļu elektriskais stars Klusajā okeānā un cownose stars Atlantijas okeānā.
Bezmugurkaulnieki
Ir virkne apdraudētu ēnu meiteņu, kukaiņu, kas izskatās līdzīgi spārei. Tie ietver melnādainās, iegarenas, chiriquita, kakao un reventazon sugas. Daudzi no citiem apdraudētajiem kukaiņiem ir spraugas, piemēram, limona, kuprveida, catago, vulkāna, alajuela un ragainās sugas. IUCN sarakstā iekļuva arī divas saldūdens krabju sugas un vairāki jūras koraļļi.
Augi
Kostarikā ir vairāk nekā 9000 zināmu augu sugu. Apdraudēto augu vidū ir pākšaugu dzimtas pārstāvji, piemēram, abarema un lancepod, no kuriem pēdējais nosaukums ir iegūts no tā lance līdzīgajiem augļiem. Ir arī 24 ziedu augu eugenijas sugas, deviņas aromātiskā auga quararibea un divas virola ģints sugas, kas ir cieši saistītas ar muskatriekstu un kurai ir dzelteni ziedi ar asu smaka. Citas galvenās apdraudētās ģintis ir koraļļa, vējpaldes kriozofila un mūžzaļais vai sausās sezonas lapu koku cedrela. Kostarikas jatropha, manilkara koks un gavilán blanco koks ir īpaši apdraudētas augu sugas.