Daļēji atrodas Andu ziemeļu daļā ar piekrastes līnijām gan pie Klusā okeāna, gan pie Karību jūras. Kolumbijas unikālā ģeogrāfija veido piecas ļoti atšķirīgas ekosistēmas tās robežās: Alpu tundra vai paramo; lietus mežs; liela augstuma mākoņu meži; piekrastes reģioni; un līdzenumi - vai los llanos. Tā kā Kolumbija ir tik tuvu ekvatoram, tai nav būtiskas sezonas variācijas.
Paramos
Paramos ir liela augstuma tropu ekosistēmas, kuras zinātnieku aprindas tikai sāk saprast. Pētījumi ir parādījuši, ka šīs unikālās ekosistēmas rada jaunas sugas ātrāk nekā jebkura cita ekosistēma uz Zemes. Kolumbijas paramā dzīvo 68 vājo augu sugas, ziedoši augi, kas uztver ūdeni no garām ejošām miglām. Kopā ar ekosistēmas ķērpjiem un sūnām frailejones filtrē un regulē ūdeni, kas galu galā pāriet Kolumbijas apakšējos augstumos. Kolumbijas paramos ir arī mājvieta apmēram 5000 citām unikālām augu sugām.
Mākoņu meži
Kolumbijas mākoņu meži atrodas tieši zem atbalsta augstuma. Šie meži ir iekļauti valsts nacionālajā parkā Las Orquídeas, kas nosaukts pēc tur atrastajām vairāk nekā 200 orhideju sugām. Mākoņu mežos ir arī daudzas citas Kolumbijā dzimušas sugas, tostarp jaguāru, pumu, pērtiķu, briežu, putnu, sikspārņu un kukaiņu sugas. Mākoņu mežos dzīvo arī apdraudētais briļļu lācis. Zinātnieki uzskata, ka klimata pārmaiņas var ietekmēt lāča iecienītākos augus ēst - piespiežot viņus vairāk meklēt pārtiku un, iespējams, tos konkurēt ar citām sugām.
Amazones lietus mežs
Aptuveni trešdaļu Kolumbijas sedz Amazone; tāpat kā pārējais pasaulē lielākais lietus mežs, arī šajā apkārtnē dzīvo daudzas unikālas sugas. 2013. gadā pētnieki Kolumbijas Amazonā atklāja divas jaunas sugas: Cercosaura hypnoides un Callicebus caquetensis. Cercosaura hypnoides ir maza melnā ķirzaka, kas, domājams, ir apdraudēta, un Callicebus caquetensis ir viena no aptuveni 20 Amazones apkaimes titi pērtiķu sugām. Kad šie pērtiķi ir mazuļi, viņi, piemēram, kaķēni, izrāda savu apmierinātību un pieķeršanos, murrājot.
Piekrastes reģioni
Kolumbijas piekrastes reģionos, kas atrodas pie ūdens un sauszemes ekosistēmu robežas, galvenokārt dzīvo mangrovju meži. Lielā sadalīšanās organisko vielu apjoma dēļ šajās piekrastes ekosistēmās dzīvo ļoti daudz zivju. Mangrovju mežos ir daudz mangrovju sugu, kā arī augoša jūras gliemeņu un mīkstmiešu populācija; vietējās kopienas bieži ievāc divvāku, kas pazīstams kā piangua hembra. Šajos mangrovju mežos dzīvo vairāki zīdītāji, tostarp tīģeru kaķi, nutrijas un savvaļas cūkas, kas pazīstamas kā "tatabro".
Los Llanos (līdzenumi)
Zālāji jeb Los Llanos galvenokārt atrodas ap Orinoko upes baseinu, kas atrodas starp Kolumbiju un Venecuēlu. Pati upe ir mājvieta vietējam un apdraudētajam Orinoko krokodilam, kurš, kā zināms, sasniedz 23 pēdas. Orinoko bruņurupucis, milzu ūdrs, milzu bruņnesis un melnkastaņa ērglis ir citas apdraudētās Los Llanos sugas. Līdzenumos mitinās arī daudzi gājputni, piemēram, dzeltenās kājas un vairākas sugas.
