Filipīnas ir bagāta ar bioloģisko daudzveidību un endēmismu, ar daudziem dabas resursiem, kas veicina ekonomiku un vietējās kopienas. Īpaši svarīgi ir tās krasti un piekrastes dzīvotnes, jo zivsaimniecība, lauksaimniecība un rūpniecība ir atkarīgas no valsts ūdensceļiem un jūras vides. Apdraudējumu biotopu un bioloģiskās daudzveidības samazināšanai rada dažādas prakses, tostarp zemes attīrīšana, neilgtspējīga zveja un piesārņojums.
Meža seguma zudums
Laikā no 2000. līdz 2005. gadam Filipīnas zaudēja nedaudz vairāk nekā divus procentus no meža platības gadā. Tas bija otrs augstākais rādītājs Dienvidaustrumāzijā. Kopš 2005. gada tika uzskatīts, ka no primārā meža ir palikuši tikai trīs procenti. Strauja mežu izciršana rada dažādus draudus ekosistēmai, tostarp bioloģiskās daudzveidības samazināšanos, augsnes eroziju, plūdus, zemes nogruvumus un pasliktinātu ūdens kvalitāti. Mežus apdraud komerciāla ieguve un mežizstrāde.
Koraļļu rifu degradācija
Filipīnas ir pasaules jūras piekrastes bioloģiskās daudzveidības centrs. Nelegāla koraļļu un dzīvu rifu zivju savākšana un eksportēšana ir ievērojami kaitējusi bioloģiskajai daudzveidībai, koraļļu rifu stāvoklim, jūras zāles segumam un zivju skaitam. Tikai 5 procenti rifu saglabā vairāk nekā 75 procentus dzīvu koraļļu segumu. Iznīcinošā zvejas prakse ietver pārzveju, traļu zveju, dinamītu un cianīdu zveju, kur cianīds tiek izšķīdināts ūdenī un izšļakstīts rifos, savukārt citus draudus rada piesārņojums un erozija.
Draudi mangrovēm
Mangrovju draudi ir pārmērīga ražas novākšana, piesārņošana un zemes un zemes tīrīšana lauksaimniecības un cilvēku apmetnes vajadzībām. Garneles audzēšana reģionam nodara gandrīz neatgriezeniskus un ekonomiski dārgus zaudējumus, kas ir vēl vairāk satraucoši, jo garneļu audzētavas pēc trīs līdz pieciem gadiem kļūst nerentablas. Mangrovju iznīcināšana ir saistīta arī ar koraļļu rifu degradāciju, jo rifi aizsargā mangrovju augļus no spēcīgiem viļņiem un straumēm, kas izskalo smalkos nogulumus, uz kuriem aug mangrovju audzes.
Bioloģiskās daudzveidības zudums
Filipīnas tiek uzskatītas par megabiodiverses valsti. Tajā ir daudz unikālas floras un faunas; faktiski gandrīz puse no tās sauszemes mugurkaulniekiem un līdz pat 60 procentiem asinsvadu augu ir unikāli valstij. Bioloģiskās daudzveidības samazināšanās ātrumu atspoguļo daži šokējoši atklājumi. Sākot ar 2006. gadu, nedaudz vairāk nekā 20 procentus mugurkaulnieku sugu Starptautiskā Dabas aizsardzības savienība novērtēja kā apdraudētas. Aptuveni 127 putnu sugas tiek uzskatītas par apdraudētām, un kādreiz izplatītā Filipīnu vietējā kakadu ir kritiski apdraudēta.