Kambodžā ir trešais augstākais mežu izciršanas līmenis pasaulē, ko motivē koksnes raža, kā arī kailcirte lauksaimniecībai. Mežu izciršana iznīcina dzīvotnes un izjauc maigo tropisko augsņu līdzsvaru. Bez kokiem, kas augsni notur savā vietā un nepapildina organisko vielu ar lapu pakaišiem, augsne pirmajos dažos audzēšanas gados ātri sabojājas un zaudē lielu daļu auglības.
Kambodžas piekrastes ekosistēmas, no kurām daudzas ir mangrovju meži, kas nodrošina svarīgas zivju nārsta vietas un pasargā no plūdiem, apdraud vairāki faktori. Piekrastes ekosistēmas noslāpē nogulsnes, kas izskalotas no nesen atmežotajām teritorijām iekšzemē. Šajos ūdeņos ir arī bīstami pesticīdi un mēslošanas līdzekļi. Slikti regulētas garneļu audzētavas izraisa mangrovju attīrīšanu un lieko barības vielu izdalīšanos ūdenī, kā rezultātā aizaug aļģes un tiek traucēta ekosistēma.
Kamēr Kambodža industrializējas, cilvēki plūst uz pilsētu teritorijām, kas aug pārāk strauji, lai sanitārijas infrastruktūra varētu turēt līdzi. Daudzās vietās nav kanalizācijas sistēmu, vai arī tie labākajā gadījumā ir nedarboti. Notekūdeņi un rūpniecības notekūdeņi piesārņo gruntsūdeņus un virszemes ūdeņus daudzās pilsētu teritorijās. Bīstamie cietie atkritumi bieži atrod ceļu uz atkritumu poligonu atvēršanu, kur tie var izskaloties gruntsūdeņos vai arī to var izpūst vējš.