Gelio elektroforezė yra metodas, naudojamas laboratorijose DNR grandinėms matuoti ir rūšiuoti. Tai būtina, nes DNR normaliomis sąlygomis yra per maža manipuliuoti, net žiūrint naudojant daugumą mikroskopų. Gelio elektroforezės laboratorijoje naudojama gana paprasta procedūra, ta pati pagrindinė technika taip pat gali būti naudojama atskiriant atskirus baltymus.
Gelio matrica
Norėdami pradėti gelio elektroforezės procedūrą, pirmiausia turite sukurti gelį. Paprastai geliai gaminami plonais lakštais, naudojant medžiagą, vadinamą agaroze. Į kolbą dedama miltelių pavidalo agarozė, paskui - sūrus vanduo, vadinamas buferiu. Šis agarozės ir buferio mišinys kaitinamas tol, kol abi medžiagos ištirps, tada supilamas į formavimo formą. Tada, kol gelis atvės, viename formos gale dedamas įtaisas, vadinamas šukomis. Atvėsus gelį, šukos pašalinamos, paliekant mažai angų, kurios bus naudojamos DNR mėginiams laikyti.
Ypatinga aušinto agarozės mišinio (vadinamo gelio matrica) ypatybė kyla iš to, kad jis sukurtas su druskos vandeniu. Įelektrinta matrica taps laidži, leisdama elektros srovei tekėti išilgai. Kita ypatinga gelio matricos savybė yra taisyklingų, mikroskopinių skylių buvimas. Šios skylės leis DNR sruogoms keliauti per gelio matricą ir palengvins rūšiavimo procesą.
Elektroforezės kamera
Kitas jūsų žingsnis - sukurti elektroforezės kamerą. Tai yra maža stačiakampio formos dėžutė, laidinė su teigiama ir neigiama elektros jungtimi abiejuose galuose. Kambariai paprastai yra negilūs, pakankamai maži, kad tilptų ant stalviršio, ir pastatyti iš skaidrių medžiagų, tokių kaip organinis stiklas.
Druskingo vandens tirpalas pilamas į elektroforezės kameros dugną ir gelio matrica šiek tiek panardinama į šį tirpalą. Sūrus vanduo turi du tikslus: padeda elektros srovei ir palaiko gelio matricą drėgną. Kadangi DNR varomas neigiamu krūviu, padėkite savo matricą taip, kad jūsų mėginiai būtų šalia jūsų neigiamo elektros jungties.
DNR paruošimas
Tada paruošiami DNR mėginiai. Kadangi tirpale esančios DNR neįmanoma pamatyti, tačiau į kiekvieną atskirą mėginį įpilama dažiklio, vadinamo pakrovimo buferiu. Šis agentas taip pat tirština DNR tirpalą, todėl jis tampa mažiau tekantis ir darbingesnis. Pipete perkelkite DNR tirpalo mėginį į kiekvieną pakaitomis esančią gelio matricos angą. Į tuščią angą tarp kiekvieno mėginio įdėkite tam tikrą DNR tirpalą, kurio ilgį jau žinote (vadinamą DNR standartu) eksperimento kontrolei ir palyginimui.
Įjunkite maitinimą
Dabar įjunkite elektroforezės kamerą. Esant neigiamai galiai, jūsų DNR mėginiai bus priversti per visą kameros ilgį. Mažos DNR sruogos greičiau judės per gelio matricą ir per trumpą laiką jos atsiskirs nuo ilgesnių, lėtesnių gijų. Dažiklis, esantis dažančioje medžiagoje, leidžia sekti DNR seką. Negalėsite pamatyti atskirų DNR sruogų, tačiau to paties ilgio sruogos sulips.
Paskutiniai žingsniai
Sutvarkius DNR, matrica pašalinama iš elektroforezės kameros. Tada DNR nudažoma, kad būtų lengviau matuoti ir ištirti.