Tarp prokariotinių ir eukariotinių ląstelių yra daug skirtumų. Kai kurie iš šių skirtumų yra struktūriniai, o kiti - procedūriniai. Du iš esmės skirtingi procesai tarp prokariotų ir eukariotų yra genų ekspresija ir jos reguliavimas. Abiejų tipų ląstelės DNR perrašo į iRNR, kuri vėliau virsta polipeptidais, tačiau šių procesų specifika skiriasi.
Vieta
Prokariotams trūksta branduolių ir kitų organelių, kurie yra specializuoti, su membrana susieti skyriai, o eukariotai juos turi. Tiesą sakant, žodis „eukariotas“ reiškia „tikrąjį branduolį“. Eukariotuose ląstelės genomas yra branduolyje. Taigi transkripcija įvyksta branduolyje, o vėliau iRNR transkripcija per branduolio poras (branduolio apvalkale esančias poras) eksportuojama į citoplazmą vertimui. Priešingai, prokariotinė transkripcija ir vertimas nėra atskirti erdvėje ar laike.
Transkripcijos inicijavimas
Skatintojo elementai yra trumpos DNR sekos, jungiančios ląstelės transkripcijos iniciacijos veiksnius. Prokariotuose yra trys promotoriaus elementai: vienas, esantis prieš transkribuojamą geną, vienas, kuris yra 10 nukleotidų pasroviui nuo jo, ir vienas, kuris yra 35 nukleotidai pasroviui. Eukariotuose yra daug didesnis promotoriaus elementų rinkinys, pagrindinis yra TATA dėžutė. Eukariotinės transkripcijos iniciacijos veiksniai surenka iniciacijos kompleksą, kuris disocijuojasi iniciacijos pabaigoje. Prokariotinės transkripcijos iniciacijos veiksniai nerenka iniciacijos komplekso.
Ribosomos
Ribosomos yra transliacijos vietos, susidedančios iš RNR ir baltymų, jungiančių ląstelės MRN ir tRNR. Prokariotuose yra 70S, o eukariotuose - 80S ribosomos. „S“ reiškia sedimentacijos koeficientą - dalelės dydžio, masės ir formos matą. 80S ribosomą sudaro 40S ir 60S subvienetai, o 70S ribosomą sudaro 30S ir 50S subvienetai.
Policistroninė MRNR
Be skirtingų transkripcijos ir transliacijos mechanizmų, prokariotai ir eukariotai skiriasi savo genų reguliavimu. Eukariotų reguliavimas yra daug sudėtingesnis ir dažnai remiasi įvairiais grįžtamojo ryšio mechanizmais, vystymosi procesais ir aplinkos veiksniais. Priešingai, prokariotai reguliuoja visus metabolizmo kelius, o ne reguliuoja kiekvieną fermentą atskirai. Tam tikro kelio bakteriniai fermentai yra greta vienas kito ląstelės DNR ir perrašomi į vieną MRNR. Ši mRNR vadinama policistronine. Kai ląstelei reikia daugiau ar mažiau kelio fermentų, ji paprasčiausiai perrašo daugiau ar mažiau to kelio MRNR.