Neutrofilinės ir acidofilinės heterotrofinės bakterijos sudaro daugumą bakterijų rūšių. Terminai „neutrofiliniai“ ir „acidofiliniai“ nurodo bakterijų rūšių optimalų pH lygį - medžiagos rūgštingumo ar šarmingumo rodiklį. Pavyzdžiui, actas yra rūgštus, o soda - kaip pagrindas. PH skalė svyruoja nuo 0 iki 14, o gryno vandens pH yra 7, tiesiai viduryje.
Neutrofiliniai heterotrofai
Dauguma bakterijų, neutrofilų, gyvena dirvožemyje ar vandenyje ir geriausiai auga esant neutraliam pH nuo 6 iki 8. Jei pH svyruoja per toli už šio diapazono ribų, neutrofilinės bakterijos negali išgyventi. Dauguma bakterijų, sukeliančių žmonių ligas, taip pat yra neutrofiliniai heterotrofai, puikiai tinkantys išgyventi žmogaus kūne.
Acidofiliniai heterotrofai
Acidofilinės bakterijos geriau auga esant žemesniam pH lygiui, paprastai esant pH 6, nes jos turi biologinius mechanizmus, leidžiančius išlaikyti savo vidinį pH beveik neutralų. Rūgščiuose kasyklų drenažuose - užterštuose, labai rūgščiuose nuotėkiuose iš kasybos teritorijų - yra daug acidofilų, oksiduojančių metalų rūdose esantį sulfidą. Pasak Karletono koledžo gamtos mokslų švietimo išteklių centro, rūgščiųjų kasyklų drenaže aptikta acidofilo Ferroplasma pH lygis buvo lygus nuliui.
Privalomai acidofiliniai heterotrofai
Įpareigojantiems acidofilams išgyventi reikalingas žemas pH, žemesnis nei 4 arba 5. Įpareigojančių acidofilų ląstelių membrana iš tikrųjų ištirpsta esant neutraliam pH lygiui ir sukelia ląstelių mirtį. Daugelis privalomų acidofilų taip pat yra termofilai - organizmai, geriausiai augantys aukštoje temperatūroje - ir dažniausiai randami vulkaniniame dirvožemyje. „Thiobacillus ferrooxidans“ tikriausiai užima dažniausiai tiriamą geležį oksiduojančią acidofilinę bakteriją.