Remiantis Viskonsino universiteto „BioWeb“ svetaine, PGR pradmuo yra trumpas, sintetinis oligonukleotidas (paprastai tarp 18 iki 25 bazių ilgio), naudojami amplifikuoti specifinius DNR regionus molekulinės biologijos metodu, vadinamu polimerazės grandinine reakcija (PGR). Tiek priekinis, tiek atvirkštinis pradmenys reikalingi, kad jie būtų atvirkštiniai DNR grandinės papildai, kad jie flangtuotųsi ir prisijungtų prie norimos DNR srities. Kai mokslininkai nori atlikti konkretaus geno ar DNR regiono tyrimus, pirmiausia jie turi atlikti PGR, kad įgytų pakankamai tikslinio regiono, su kuriuo galėtų dirbti. Gali prireikti sukurti pradmenų sekas dominančiam regionui, jei jų dar nėra anksčiau paskelbtuose tyrimuose ar komercinėmis priemonėmis.
Gauti dominančio geno ar DNR srities nukleotidų seką ir nuspręsti, kiek laiko fragmentą norite sustiprinti. Pirmyn ir atgal gruntas yra skirtas surišti norimo fragmento pradžioje ir pabaigoje. Paprastai įprastuose PGR metoduose naudojami pradmenys, kurie riboja sritį nuo 100 iki 1000 bazių porų ilgio, o realiuoju laiku atliekami PGR metodai - apie 50–200 bazių porų ilgio fragmentus.
Nuspręskite, kurioje sekoje norite, kad pradmenys gulėtų. Pvz., Galbūt norėsite, kad vieta būtų šalia 5 'arba 3' sekos pabaigos arba viduryje. Jei norite, nurodykite pradmenų vietą, kad apimtų introną.
Suprojektuokite gruntų ilgį nuo 18 iki 24. Vincentas R. Prezidentas, Ph. D., iš „Brinkmann Instruments Inc.“, teigia, kad šis ilgis yra pakankamai ilgas, kad būtų itin specifiškas norimam DNR regionui, tačiau pakankamai trumpas, kad lengvai susietų (atkaitintų). Grunto lydymosi temperatūra (Tm) turėtų būti nuo 55 iki 80 laipsnių Celsijaus, pakankamai žema, kad būtų galima visiškai ištirpti 90 laipsnių Celsijaus laipsniu arba aukštesnė, tačiau pakankamai aukšta, kad būtų galima atkaitinti. GC kiekis (Gs ir Cs procentai iš eilės) turėtų būti nuo 40 iki 60 procentų. 3 'pradmens sekos galas turėtų baigtis C arba G (vadinamas GC spaustuku), kad būtų skatinamas prisijungimas, nes G ir C nukleotidai turi stipresnius ryšius, tačiau venkite trijų ar daugiau G arba Cs paskutinėse penkiose sekos bazėse.
Venkite keturių ar daugiau vienos bazės (pvz., ACCCC ...) arba keturių ar daugiau di-nukleotidų pakartojimų (pvz., ATATATAT ...), nes jie gali sukelti klaidingą vertinimą. Dizaino gruntai be intra-gruntų homologijos (daugiau nei trys pagrindai, kurie papildo vieną pats pradas) arba homologija tarp pradmenų (kai pirmyn ir atgal gruntai turi komplementą sekos). Tai gali sukelti savaiminius dimerius arba pradmenų dimerius, kai pradmenys jungiasi prie savęs, o ne prisijungia prie norimos DNR sekos.
Naudokite internetinius išteklius ir svetaines, kurios padeda kurti gruntą arba padeda patikrinti, ar grunto sekos nesuderinamos, ar yra galimybė sukurti antrines struktūras, pavyzdžiui, segtukus. Kai kuriose grunto dizaino svetainėse yra Masačusetso technologijos instituto „Primer3“, Nacionalinio biotechnologijų informacijos centro „Primer-Blast“ ir „Integrated DNA Technologies“ „OligoAnalyzer“.
