Western blotting yra viena iš labiausiai paplitusių procedūrų biocheminėse laboratorijose. Iš esmės, jis atskiria baltymus nuo mėginio pagal dydį, tada testuoja antikūnus, kad nustatytų, ar yra tam tikro baltymo. Tai naudinga ne tik atliekant tyrimus, bet ir medicinos ar diagnostikos laboratorijose; Pavyzdžiui, atliekant ŽIV ir Laimo ligos tyrimus, atliekamas su fermentais susijęs imunosorbento tyrimas (ELISA), po kurio atliekamas Western blot tyrimas, jei ELISA testas yra teigiamas. Nepaisant populiarumo, „Western blotting“ turi keletą trūkumų.
Nekokybinis
Klasikiniai Vakarų blotai nėra kiekybiniai. Kitaip tariant, nors jie gali pasakyti tyrėjams, ar yra tam tikro baltymo, jie neleidžia kiekybiškai įvertinti, kiek baltymo yra. Kai kurios biotechnologijų bendrovės dabar parduoda rinkinius, kurie leidžia tyrėjams ar laboratorijos technikams įvertinti jų kiekį baltymų, naudojant standartinę kreivę, tačiau tai veikia tik tuo atveju, jei yra gryni to paties baltymo mėginiai prieinama. Be to, baltymo molekulinę masę galima įvertinti tik atlikus Western blot'ą, o ne tiksliai nustatant, kaip atliekant masių spektrometriją.
Antikūnai
Western blot galima atlikti tik tuo atveju, jei yra pirminių antikūnų prieš dominantį baltymą. Nors biotechnologijų kompanijose yra antikūnų daugeliui baltymų, jie nėra pigūs; jei tam tikriems baltymams nėra pirminių antikūnų, nebus galima atlikti Western blot ieškant būtent to baltymo. Be to, mokslininkai gali norėti nustatyti, ar baltymas buvo kažkaip modifikuotas - jei jis buvo fosforilintas (turėjo a fosfatų grupė prie jos), pavyzdžiui - ir taikant Western blot metodą, jiems reikia antikūnų, būdingų modifikuotiems baltymas.
Mokymai
Tinkamai atlikti „Western blot“ ir pasiekti gerų rezultatų gali būti nelengva, todėl darbuotojai turi būti gerai apmokyti. Šiuo atveju, kaip ir daugelyje kitų dalykų, patirtis yra galbūt geriausias mokytojas; net ir patyrusiam technikui „Western blot“ užima daug laiko. Pavyzdžiui, eksperimento gelio elektroforezės dalis paprastai užtruks nuo vienos iki dviejų valandų. Žinoma, gelio veikimo metu galima atlikti kitas užduotis, tačiau eksperimentas vis tiek užtrunka gana ilgai, kol bus gauti rezultatai.
Kiti apribojimai
Antikūnai kartais gali surišti ne tikslą, o tai gali sukelti prastesnius rezultatus. Be to, taikant Western blotting, jūs naudojate antikūnus prieš konkretų baltymą, todėl jūsų rezultatai jums parodys tik tada, jei to baltymo buvo. Didelės skiriamosios gebos masės spektrometrija, priešingai, parodo visus baltymus, esančius mėginyje, ir, skirtingai nuo klasikinio Western blotingo, jis yra kiekybinis. Svarbu, žinoma, prisiminti, kad masinė spektrometrija yra daug brangesnė ir techniškai sudėtingesnė naudoti, palyginti su Western blot'u.