Klonavimas yra karšta etinė problema mokslo bendruomenėje, tačiau bakterijos save klonuoja nuolat. Procese, vadinamame dvejetainiu dalijimusi, viena bakterija padvigubina savo dydį ir genetinę medžiagą, tada padalijama, kad gautų dvi identiškas ląsteles.
Dvejetainis dalijimasis, palyginti su eukariotinių ląstelių dalijimusi arba mitoze, yra gana paprastas procesas. Pirma, bakterija nukopijuoja savo DNR - genetinę medžiagą, kuri bakterijose yra žiedinė. DNR suteikia visą informaciją, reikalingą tapačiai ląstelei sukurti. Tada DNR atskiriama priešinguose ląstelės galuose, o ląstelės dalijimui reikalingi baltymai kaupiasi ląstelės centre. Bakterija taip pat padvigubina savo tarpląstelinį skystį, vadinamą citoplazma. Baltymai suskaido ląstelę į dvi dalis, o daugumoje bakterijų yra pastatyta nauja ląstelės sienelė, kad būtų užbaigtas dalijimasis.
Dvejetainio dalijimosi pranašumas bakterijų požiūriu yra tas, kad jis yra greitas ir paprastas. Ligos kontrolės ir prevencijos požiūriu dvejetainis skilimas yra naudingas, nes tai supaprastina vaistų gamybą. Paprastai bakterinei infekcijai gydyti reikalingas tik vienas vaistas, nes visos bakterijos yra tapačios ir atsakys tuo pačiu būdu. Deja, tačiau dėl mutacijų kai kurios bakterijos vystosi atsparumą vaistams, o tai labai apsunkina infekcijų gydymą.