Nuotekose esantys mikroorganizmai yra iš dviejų šaltinių - dirvožemio ir sanitarinių atliekų. Viename mililitre nuotekų paprastai yra nuo 100 000 iki 1 milijono mikroorganizmų, rašoma „Mountain Empire Community College“ svetainėje. Nors dauguma šių organizmų, pavyzdžiui, įvairių tipų bakterijos, vaidina pagrindinį vaidmenį skaidant atliekas ir yra kai kurie yra neatsiejami organinių medžiagų komponentai, kai kurie iš jų yra patogeniški arba pernešantys ligas ir kelia grėsmę visuomenei šilas.
Parazitinės bakterijos
Bakterijos yra vienos ląstelės organizmai, kurie dauginasi suspenduotose medžiagose, pavyzdžiui, dumblas. Susidūrę su maistinių medžiagų atsargomis, jie maitinasi imdami maistą tiesiai per ląstelės sienelę ir greitai dauginasi. Tarp daugybės kanalizacijoje esančių bakterijų tipų dažniausiai būna išmatų koliformos, kurios kyla iš žmogaus žarnyno ir keliauja per žmogaus išmetimus. Šioms parazitinėms bakterijoms reikalingas gyvas organizmas arba šeimininkas ir lengvai prieinamas maistas.
Patogeniškos bakterijos
Specifinės parazitinių bakterijų formos gamina toksinus, sukeliančius ligas šeimininko organizme. Šiuos patogeninius bakterijų tipus gali išleisti žmonės, kenčiantys nuo dizenterijos, choleros, vidurių šiltinės ir kitų žarnyno ligų. Patogenai, paprastai randami nuotekose, yra Salmonella, Shigella, E. coli, Streptococcus, Pseudomonas aeroginosa, mycobacterium ir Giardia Lamblia, rašoma Vandens kokybės ir sveikatos tarybos svetainėje. Šigeliozės protrūkiai atsirado dėl gėlo vandens vėžiagyvių, užterštų nuotekų srautais, kuriuos aprašė JAV ligų kontrolės ir prevencijos centrai. Dėl populiacijos augimo ir padidėjusio nuotekų išleidimo į aplinką atsiradusi patogeninių bakterijų gausa užgožia natūralius skilimo ir skiedimo procesus.
Saprofitinės bakterijos
Saprofitinės bakterijos ryja negyvas organines medžiagas, kurios padeda atliekas suskaidyti į neorganinius ir organinius šalutinius produktus. Šios bakterijos vaidina svarbų vaidmenį valant nuotekas palengvinant arba pagreitinant organinių medžiagų skaidymo procesą. Be saprofitinių bakterijų skilimas negali vykti. Skirtingos saprofitinių bakterijų rūšys žūva atlikusios savo vaidmenį atitinkamame irimo etape.
Virusai
Tarp kanalizacijoje randamų mikrobų yra virusai, kurie yra parazitiniai organizmai, reikalaujantys gyvųjų medžiagų maitinimuisi, augimui ir dauginimuisi. Nuotekose esantys patogeniniai virusai yra poliomielitas ir hepatitas. Įvairių žarnyno virusų, tokių kaip koksakas, adenovirusas ir ECHO, arba enterinės citopatinės žmogaus našlaitės, taip pat yra nuotekų nuotekose. Kitas įprastas kanalizacijos virusų tipas, kuris grobia bakterijas, bet ne žmones, yra žinomas kaip fagas arba bakteriofagas. Skirtingai nuo bakterijų, patogeninių virusų kanalizacijoje yra nedaug. Apskaičiuota, kad milijonas koliforminių bakterijų gali būti vienas infekcinis virusas, rašoma Mountain Empire Community College svetainėje.