Pagrindinis buveinių sunaikinimo poveikis yra biologinės įvairovės sumažėjimas, kuris reiškia įvairių rūšių gyvūnų ir augalų įvairovę ir gausą tam tikroje aplinkoje. Kai gyvūnas praranda natūralius namus ar buveines, kurių jam reikia išgyventi, jo skaičius greitai mažėja ir jis eina išnykimo link. Manoma, kad 14 000–35 000 rūšių gali išnykti, o buveinių sunaikinimas yra viena iš pagrindinių priežasčių.
Apdulkinimas ir sėklų paskleidimas
Tiek laukiniai, tiek žemės ūkio augalai dauginasi nuo apdulkinimo. Vaisiai ir daržovės, pagrindiniai žmogaus mitybos komponentai, priklauso nuo bičių ir kitų vabzdžių, kurie perneša žiedadulkes iš gėlės į žiedą. Kai dėl buveinių sunaikinimo sumažėja šių apdulkintojų atmainų, sumažėja ir pasėlių derlius. Pavyzdžiui, beskonės bitės Kosta Rikoje, kurios peri tik miškuose, 20 procentų padidina kavos plantacijų, esančių šalia miško lopinėlių, derlių. Daugelis augalų, pasklidę sėklose, taip pat remiasi gyvūnais, ypač valgančiais vaisius. Sunaikinus šio tipo gyvūnų buveines, gali smarkiai nukentėti nuo jų priklausančios augalų rūšys.
Klimato reguliavimas
Biologinė įvairovė daro įtaką klimatui daugiausia reguliuojant anglies dvideginio kiekį atmosferoje. Sunaikinus miško buveines, sumažėja miškų gebėjimas absorbuoti anglies dvideginį. Augalo augimo greitis ir sumedėjimas lemia anglies apyvartos greitį jame. Kraštovaizdžio modeliai taip pat yra svarbūs, nes miško fragmentų pakraščiuose sumažėja anglies sekvestracija. Jūrų ekosistemos taip pat vaidina svarbų vaidmenį surišant anglį.
Kenkėjų ir ligų kontrolė
Kenkėjai dažnai būna nukreipti į tam tikrų rūšių augalus. Sunaikinus buveines ir sumažinus augalų įvairovę, aplinkoje yra daugiau tam tikros rūšies augalų. Tai palengvina kenkėjų plitimą. Augalų įvairovė suteikia daugiau vabzdžių ir kitų gyvūnų bei natūralių kenkėjų priešų buveines. Grybelinių augalų ligos sunkesnės monokultūrinėse vietovėse, kur auginamos vienos rūšies kultūros.
Netiesioginiai efektai
Maisto, drabužių ir pastogės gamyba žmonėms daugeliu netiesioginių būdų priklauso nuo ekosistemų biologinės įvairovės. Didelė žemės ūkio kultūrų įvairovė apsaugo ūkininkus nuo pasėlių nesėkmių. Sunaikinus buveines ir sumažinus rūšių įvairovę, ekosistemos gali būti labiau pažeidžiamos invazinių rūšių ir netiesiogiai paveikti žmonių sveikatą ir gerovę. Invazinių rūšių poveikį iliustruoja tai, kas nutiko, kai į Gatuno ežerą, Panamą, buvo įvežti bosai. Dėl boso sumažėjo uodų lervų plėšrūnų ir padaugėjo maliarijos.
