Mokslo laboratorijose atliekami chromatografijos metodai, siekiant atskirti cheminius junginius nuo nežinomo mėginio. Mėginys ištirpinamas tirpiklyje ir teka per kolonėlę, kurioje jį skiria junginio pritraukimas prie kolonos medžiagos. Ši polinė ir nepolinė traukos kolonos medžiagai yra aktyvi jėga, dėl kurios junginiai laikui bėgant išsiskiria. Du šiandien naudojami chromatografijos tipai yra dujų chromatografija (GC) ir didelio efektyvumo skysčių chromatografija (HPLC).
Dujų chromatografija išgarina mėginį ir jį palei sistemą perneša inertinės dujos, tokios kaip helis. Naudojant vandenilį gaunamas geresnis atskyrimas ir efektyvumas, tačiau daugelis laboratorijų draudžia naudoti šias dujas dėl jų degumo pobūdžio. Naudojant skysčių chromatografiją, mėginys lieka skystos būsenos ir, esant dideliam slėgiui, įvairiais tirpikliais, tokiais kaip vanduo, metanolis ar acetonitrilas, jis stumiamas per kolonėlę. Skirtingos kiekvieno tirpiklio koncentracijos skirtingai paveiks kiekvieno junginio chromatografiją. Jei mėginys lieka skystas, padidėja junginio stabilumas.
Dujų chromatografijos kolonų vidinis skersmuo yra labai mažas, jų ilgis gali svyruoti nuo 10 iki 45 metrų. Šios silicio dioksido kolonos suvyniotos išilgai apskrito metalinio rėmo ir pašildomos iki 250 laipsnių Fahrenheito temperatūros. Skysčio chromatografijos kolonėlės taip pat yra silicio dioksido pagrindu, tačiau turi storą metalinį korpusą, kad atlaikytų didelį vidinį slėgį. Šios kolonos veikia esant kambario temperatūrai ir yra nuo 50 iki 250 centimetrų ilgio.
Atliekant dujų chromatografiją, į sistemą įpurškiamas mėginys išgarinamas maždaug 400 laipsnių Fahrenheito laipsniu prieš jį pernešant per kolonėlę. Taigi junginys turi atlaikyti šilumą aukštoje temperatūroje, neskaidydamas ir neskaidydamas į kitą molekulę. Skysčio chromatografijos sistemos leidžia mokslininkui analizuoti didesnius ir mažiau stabilius junginius, nes mėginys nėra veikiamas šilumos.