Didžiąją Aliaskos dalį supa vanduo. Šiaurėje ir šiaurės vakaruose yra atitinkamai du Aliaskos vandens telkiniai, Boforto ir Čiukčių jūra, kurie abu susilieja į Arkties vandenyną. Pietryčiuose yra Aliaskos įlanka, kuri įsilieja į Ramųjį vandenyną. Beringo jūra yra į pietvakarius.
Arkties vandenynas
Arkties vandenynas yra mažiausias iš visų vandenynų. Jis beveik visiškai guli virš poliarinio rato ir dažniausiai būna labai šaltas ir padengtas ledu. Lomonosovo kalvagūbris ją padalija į du baseinus - Eurazijos baseiną ir Šiaurės Amerikos baseiną. Šio vandenyno ištakos yra Beringo sąsiauris, esantis tarp Aliaskos ir Rusijos; Daviso sąsiauris, tarp Grenlandijos ir Kanados; ir Danijos sąsiaurį bei Norvegijos jūrą tarp Grenlandijos ir Europos. Šiame vandenyne dėl žemos temperatūros gyvena žuvys, ruoniai, valai ir banginiai. Šio vandenyno centrą dengia vidutiniškai 10 pėdų storio poliarinis ledo paketas, kuris žiemos mėnesiais tęsiasi į išorę, padvigubėja ir tęsiasi iki juosiančių sausumos. Atviros jūros vasaros mėnesiais supa ledo paketą, tačiau jis niekada neišnyksta.
Ramusis vandenynas
Ramusis vandenynas yra didžiausias iš visų vandenynų. Ji užima apie 28 procentus viso pasaulio paviršiaus ir yra 15 kartų didesnė už JAV. Žiemą susidaro jūros ledas, o daugelis laivų nuo spalio iki gegužės taip pat apledėja. Ramiajame vandenyne gyvena jūrų gyvybės formos, tokios kaip jūrų liūtai, jūrų ūdros, ruoniai, vėžliai ir banginiai. Ekonominiu požiūriu Ramusis vandenynas siūlo prieinamą, palyginti nebrangų jūrų transportą, daug žvejybos vietų, naftos ir dujų jūroje laukai, mineralai, smėlis ir žvyras statybų pramonei ir daugiau nei 60 proc. pasaulio žuvų yra iš Ramiojo vandenyno Vandenynas.
Aliaskos įlanka
Aliaskos įlanka perima Aliaskos srovė ir Aliaskos pakrantės srovė. Šios srovės veikia kaip organizmų ir išteklių, nuo kurių jos priklauso, keliai. Keletas įvadų, tokių kaip „Cook Inlet“ ir „Prince William Sound“, apsaugo organizmus nuo stiprių srovių. Šioje įlankoje yra daug didelių ledynų ir ledkalnių, kuriuos stipri jūra neša į jūrą.
Beringo jūra
Beringo jūra yra viena didžiausių jūrų ekosistemų pasaulyje. Jis yra tarp Sibiro ir Aliaskos. Šiaurėje jį su Bukingo sąsiauriu jungia Čiukčių jūra ir Arkties vandenynas; Ramusis vandenynas yra Beringo jūros pietuose, pro Aleutų salas ir Aliaskos pusiasalį, iš kurio salos eina.
Beringo jūroje gyvena daug didelių paukščių ir jūrų gyvūnų, tokių kaip kailiniai ruoniai ir banginiai. Per pastaruosius 50 metų jūros temperatūra pakilo, todėl sumažėjo tam tikrų žuvų ir jūrų gyvūnų populiacija. Tai kelia nerimą žuvininkystės pramonės žmonėms, nes ši jūra buvo vienas iš pagrindinių jos žuvų šaltinių.
Boforto jūra
Boforto jūra yra į šiaurę nuo Aliaskos, esančioje Arkties vandenyne. Jis buvo pavadintas britų kontradmirolo sero Franciso Beauforto vardu. Jūra užima apie 184 000 kvadratinių mylių, o vidutinis gylis yra 3239 pėdos, tačiau ji nusileidžia net 15 360 pėdų žemyn. Centrinėje ir šiaurinėje zonoje jūra yra užšalusi, o rugpjūčio ir rugsėjo mėn. Banginiai ir jūros paukščiai yra du dažniausiai pasitaikantys gyvūnai, rasti netoli Aliaskos Boforto jūroje. 1986 m. Aliaskos Prudhoe įlankoje, esančioje šioje jūroje, buvo rasta daug naftos atsargų.
Čiukčių jūra
Čiukčių jūra taip pat yra Arkties vandenyne, į šiaurės vakarus nuo Aliaskos. Šioje jūroje yra seklus dugnas, kuris suteikia maistinių medžiagų ir buveinių gyvūnams, tokiems kaip valai, ledo ruoniai, banginiai, jūros paukščiai ir baltieji lokiai. Šioje jūroje gyvena dešimtadalis pasaulio baltųjų lokių populiacijos. Besikeičiantis klimatas, dėl kurio pakyla temperatūra, daro įtaką baltųjų meškų populiacijai, nes tirpstant ledui jiems sunkiau medžioti maistą. Kadangi jūros ledas toliau tirpsta, daugelis naftos ir dujų kompanijų yra suinteresuotos gręžti būtent šioje srityje.