Tik šiek tiek mažesnė nei JAV Kolorado valstija, Naujosios Zelandijos ekosistemos susiduria su daugeliu aplinkosaugos iššūkius, nes šalis yra ir ekonomiškai išsivysčiusi tauta, ir sala bendruomenė. Nors daugelis išsivysčiusių šalių, pavyzdžiui, JAV, susiduria su panašiomis ekosistemos grėsmėmis, tokiomis kaip invazinės rūšys ir pramonės tarša, salų tautoms, tokioms kaip Naujoji Zelandija, kyla vis didesnė grėsmė dėl kylančio jūros lygio ir spaudimo gamtos ištekliams, tokiems kaip vandenynas žvejyba.
Invazinės rūšys
Žmonių įvesti nevietiniai gyvūnai ir augalai į Naujosios Zelandijos ekosistemas rimtai paveikė vietinių rūšių sveikatą. Kivis, neskraidantis paukštis, kuris yra šalies nacionalinis gyvūnas, gresia išnykimo grėsmė - 90 proc Naujosios Zelandijos apsaugos departamento duomenimis, visus naujus viščiukus žudo invazinės rūšys, pavyzdžiui, kuokai. Tokie invaziniai augalai, kaip vijokliniai šparagai, taip pat veikia Naujosios Zelandijos miškų ekosistemas, plisdami po žeme ir neleisdami atsinaujinti vietiniams augalams.
Pramoninė tarša
Apytiksliai pusė visų Naujosios Zelandijos ežerų yra užteršti, dauguma upių neatitinka sveikatos standartų plaukiojimas, o pusė visų vietinių žuvų yra nurodytos kaip nykstančios rūšys, teigia „Forest and Bird“ organizacija. Šių vandens kelių ir jų ekosistemų sveikata blogėja nusausinant natūralias pelkes, kurios veikia kaip gėlo vandens telkinių filtrai. „Forest and Bird“ organizacijos skaičiavimais, 90 proc. Naujosios Zelandijos pelkių buvo nusausinta kadravimui ir plėtrai.
Klimato kaita
Naujosios Zelandijos ekosistemoms, kaip salų valstybei, taip pat kelia grėsmę kylantis jūros lygis, kurį sukelia žmogaus sukelta pasaulinė klimato kaita. Naujosios Zelandijos aplinkos ministerija tikisi, kad prognozuojamas jūros lygio kilimas lems padidėjusi pakrančių erozija ir didesnis jūros vandens įsiskverbimas į sūrines žiotis, be kita ko grasinimai. Tokie pokyčiai kelia grėsmę kopų ir pakrančių bendruomenės ekosistemoms, kurios gali būti prarastos dėl erozijos, ir upių žiotyse esančioms ekosistemoms, kurios negali pakęsti gryno jūros vandens druskingumo.
Biologinės įvairovės mažinimas
Augalų ir gyvūnų įvairovė ir sveikata padeda apibrėžti stiprią ekosistemą ir paprastai vadinama biologine įvairove. Naujojoje Zelandijoje dėl medžioklės ir buveinių sunaikinimo Aplinkos ministerija laikė „rimtu nuosmukiu“. Pareigūnai skaičiuoja, kad 32 procentų vietinių sausumos ir gėlavandenių paukščių Naujojoje Zelandijoje jau išnyko ir laikomos dar 800 gyvūnų, augalų ir grybų rūšių grasino.