Centrifuga yra aparatas, susidedantis iš skyriaus, kuris sukasi ant centrinės ašies. Sukamasis judesys sukelia medžiagų atskyrimą, atsižvelgiant į jų skirtingas gravitacijas. Centrifugos rotorius yra besisukantis centrifugos mazgas, kuriame yra fiksuotos skylės, išgręžtos kampu. Mėgintuvėliai dedami į šių skylių vidų, o rotorius sukasi, kad būtų lengviau atskirti medžiagas. Yra trijų tipų centrifugos rotoriai: sukamasis kaušas, fiksuoto kampo ir vertikalūs rotoriai.
Rotacinis kaušinis rotorius paprastai palaiko mėginius, kurių tūris yra nuo 36 ml iki 2,2 ml. Sūkuriniai kaušai gali palaikyti dviejų tipų atskyrimus: norminį-zoninį ir izopiklinį. Didesnės zonos atskyrimui pirmenybė teikiama sūpynių kaušams, nes atstumas tarp menisko išorės ir vamzdelio dugno išorės yra pakankamai ilgas, kad atsirastų.
Fiksuoto kampo rotoriai paprastai naudojami granuliuojant granulių daleles iš suspensijos ir pašalinant šiukšlių perteklių arba surenkant granules. Rotoriaus ertmės svyruoja nuo 0,2 ml iki 1 ml. Svarbiausias aspektas nusprendžiant naudoti fiksuoto kampo rotorių yra K koeficientas. K koeficientas rodo, kaip efektyviai rotorius gali granuliuoti maksimaliu greičiu. Kuo mažesnis K koeficientas, tuo didesnis granuliavimo efektyvumas.
Vertikalūs rotoriai yra labai specializuoti. Jie paprastai naudojami DNR susieti cezio chloridu. Vertikaliųjų rotorių K koeficientai yra labai maži, o tai naudinga, jei dalelė turi judėti tik nedideliu atstumu, kol ji granuliuoja. Vertikalių rotorių veikimo laikas yra trumpas.