주요 유형의 박테리아는 전통적으로 물리적 특징 또는 다양한 유형의 염색에 대한 반응으로 분류되었습니다. 분자 유전학의 출현으로 여러 그룹의 박테리아를보다 신중하게 구분할 수있었습니다. 많은 과학자들은 박테리아의 오래된 분류가 둘 이상의 왕국으로 분리되어야한다고 믿습니다.
생물의 가장 높은 분류는 왕국입니다. 박테리아는 한때 Protista로 알려진 하나의 왕국으로 분류되었지만 많은 과학자들은 분자 유전 적 증거에 따라 구 왕국을 두 개의 왕국으로 분할해야한다고 주장합니다. 새로운 왕국은 오늘날 극한 환경에서 살아남는 진정한 박테리아 인 유 박테리아와 고대 박테리아 인 아르케 박테리아가 될 것입니다. 일부는 도메인 또는 수퍼 킹덤 (superkingdoms)으로 알려진 새로운 계통 발생 분열을 제안합니다. 왜냐하면 아르케 박테리아는 너무나 독특해서 그들은 세 왕국으로 나눌 수 있습니다. 고온 성인 Crenarchaeota 박테리아; Euryarchaeota, 호 염성 및 메탄 생성 박테리아; 그리고 온천에서 발견되는 Korarchaeota.
Archaebacteria 이외의 박테리아의 경우 5 개의 다른 문이 있으며 다음 분기는 계통 발생 나무입니다. 프로 테오 박테리아는 식물과 공생하며 대기에서 질소를 고정하는 데 도움이됩니다. 시아 노 박테리아는 청록색 박테리아로 알려져 있습니다. 유 박테리아는 전통적으로 분류 된 그람 양성 박테리아이며 다른 박테리아와 다른 층을 가진 세포벽을 가지고 있습니다. Spirochetes는 나선형 식민지에서 자랍니다. 클라미디아는 세포 내 기생충입니다.
박테리아는 병원성 (질병 유발) 또는 비병원성으로 설명 될 수 있습니다. 또한 그람 양성 또는 그람 음성으로 설명 될 수 있습니다. 그램 염색에 의해 염료를 흡수하는지 여부를 나타냅니다. 그람 양성 박테리아는 외부 세포막이 없으며 펩티도 글리 칸을 사용하면 크리스탈 바이올렛으로 염색 할 수 있습니다. 그람 음성 박테리아는 외부 세포막을 가지고 있지만 펩티도 글리 칸이 부족하여 염색되지 않습니다.