ბევრი განსხვავებაა პროკარიოტულ და ეუკარიოტულ უჯრედებს შორის. ამ განსხვავებებიდან ზოგი სტრუქტურულია, დანარჩენი კი პროცედურულია. ორი პროცესი, რომლებიც არსებითად განსხვავდება პროკარიოტებსა და ეუკარიოტებს შორის, არის გენების გამოხატვა და მისი რეგულირება. ორივე ტიპის უჯრედი დნმ-ს გადააქცევს mRNA– ს, რომელიც შემდეგ ითარგმნება პოლიპეპტიდებში, მაგრამ ამ პროცესების სპეციფიკა განსხვავდება.
ადგილმდებარეობა
პროკარიოტებს არ გააჩნიათ ბირთვები და სხვა ორგანელები, რომლებიც სპეციალიზირებული, გარსით შეკრული განყოფილებებია, ხოლო ეუკარიოტებს აქვთ. სინამდვილეში, სიტყვა "ეუკარიოტი" ნიშნავს "ნამდვილ ბირთვს". ეუკარიოტებში უჯრედის გენომი მდებარეობს ბირთვში. ამრიგად, ტრანსკრიფცია ხდება ბირთვში, ხოლო mRNA ტრანსკრიპტი შემდეგში ექსპორტირდება ბირთვული ფორების მეშვეობით (ბირთვული კონვერტის ფორები) ციტოპლაზმაში თარგმნისთვის. ამის საპირისპიროდ, პროკარიოტული ტრანსკრიფცია და თარგმანი არ არის სივრცობრივი და დროებითი დანაწევრებული.
ტრანსკრიფციის დაწყება
პრომოუტერის ელემენტები არის დნმ-ის მოკლე თანმიმდევრობა, რომელიც უკავშირდება უჯრედის ტრანსკრიფციული ინიცირების ფაქტორებს. პროკარიოტებს აქვთ სამი წამახალისებელი ელემენტი: ერთი, რომელიც ტრანსპორტირდება გენის ზედა დინებაში, ერთი არის მის ქვემოთ 10 ნუკლეოტიდი და ერთი, რომელიც დინების მიმართულებით 35 ნუკლეოტიდია. ეუკარიოტებს პრომოუტერის ელემენტების გაცილებით მეტი ნაკრები აქვთ, რომელთაგან მთავარია TATA ყუთი. ეუკარიოტული ტრანსკრიპციის ინიცირების ფაქტორები აწყობენ ინიცირების კომპლექსს, რომელიც იხსნება ინიცირების ბოლოს. პროკარიოტული ტრანსკრიპციის ინიცირების ფაქტორები არ იკრიბებიან ინიცირების კომპლექსში.
რიბოსომები
რიბოსომები არის მთარგმნელობითი ადგილები, რომლებიც შედგება RNA და ცილისაგან, რომლებიც უკავშირდება უჯრედის mRNA- ს და tRNA- ს. პროკარიოტებს აქვთ 70S რიბოსომა, ხოლო ეუკარიოტებს აქვთ 80S რიბოსომები. "S" ეხება დანალექების კოეფიციენტს, ნაწილაკის ზომის, მასის და ფორმის საზომს. 80S რიბოსომა შედგება 40S ქვედანაყოფისა და 60S ქვედანაყოფისგან, ხოლო 70S ribosome შედგება 30S ქვედანაყოფისა და 50S ქვედანაყოფისაგან.
პოლიკისტრონული mRNA
გარდა იმისა, რომ აქვთ სხვადასხვა ტრანსკრიფციული და მთარგმნელობითი აპარატურა, პროკარიოტები და ეუკარიოტები განსხვავდებიან გენის რეგულირებით. ეუკარიოტული რეგულაცია გაცილებით რთულია და ხშირად ეყრდნობა უკუკავშირის სხვადასხვა მექანიზმს, განვითარების პროცესებსა და გარემო ფაქტორებს. ამის საწინააღმდეგოდ, პროკარიოტები არეგულირებენ მეტაბოლურ მთლიან გზებს, ვიდრე არეგულირებენ თითოეულ ფერმენტს ცალკე. მოცემული გზის ბაქტერიული ფერმენტები ერთმანეთის მეზობელია უჯრედის დნმ-ზე და ტრანსკრიფირებულია ერთ mRNA- ში. ამ mRNA- ს პოლიცისტრონიულ mRNA ეწოდება. როდესაც უჯრედს სჭირდება მეტნაკლებად ბილიკის ფერმენტები, ის უბრალოდ ახდენს ამ გზის mRNA– ს მეტნაკლებად ტრანსკრიფციას.