მოლეკულურ ბიოლოგიაში შეიძლება იყოს კარგი ბუფერული არჩევანი და მომზადება დნმ-ის იზოლაციის სხვადასხვა საფეხურისთვის განსხვავება ცილის გამოხატვაზე გადასვლას ან სხვა მაქსი-მოსამზადებელი ნაკრების გახსნას შორის დასრულდა მათი გადამწყვეტი მნიშვნელობის მიუხედავად, ბუფერული რეცეპტები ხშირად სწორედ ეს არის - რეცეპტები, რომლებიც დაწერილია ახსნის გარეშე ან სხვადასხვა კომპონენტის დასაბუთება. ერთ-ერთი ასეთი ბუფერულია გლუკოზა-ტრის-EDTA ან GTE ბუფერი.
რისთვის გამოიყენება GTE?
GTE გამოიყენება ბაქტერიული უჯრედების მარცვლების ხელახლა შესაჩერებლად უჯრედების ლიზირებამდე (გასახსნელად) და შიგნით პლაზმური დნმ-ის მოსავლის აღებამდე. ლიზოციმი, რომელიც არბილებს უჯრედის მემბრანებს, ხშირად ემატება GTE ბუფერთან ერთად. ამ ეტაპის განმავლობაში მთლიანი უჯრედების ჰომოგენური სუსპენზიის მიღწევა ისე, რომ შემდგომში დამატებულმა ლიზისის ხსნარმა ყველა უჯრედში მოხვდეს, კარგია დნმ-ის კარგი სარგებელი. GTE შექმნილია ამისათვის, ხოლო დნმ-ს სტაბილურ გარემოს უზრუნველყოფს.
გლუკოზა ოსმოლარობისთვის
50 მმ (მილიმოლარული) გლუკოზის შაქარს ემატება GTE ბუფერი, რომ შეინარჩუნოს ოსმოლარობა, როდესაც უჯრედების გარეთ ხსნადი კონცენტრაცია უჯრედების შიგნით არის. ეს ხელს უშლის უჯრედების ნაადრევ ლიზისს, რამაც შეიძლება გამოიწვიოს დნმ-ის დაბალი მოსავლიანობა აგრეგაციისა და დეგრადაციის გამო. ბუფერის სხვა კომპონენტები ასევე ხელს უწყობენ ხსნარის ოსმოლარობას, მაგრამ გლუკოზა, არ არის ელექტროლიტი, კარგი არჩევანია, რადგან ის ხელს არ უშლის ხსნარის ბუფერულს თვისებები.
Tris pH სტაბილურობისთვის
ტრისი არის ტრის (ჰიდროქსიმეთილ) ამინომეტანის მოკლე სახელი, რომელიც ძალიან გავრცელებული pH ბუფერულია. GTE ბუფერის შემთხვევაში, მჟავას მარილი (Tris-HCl) ემატება ბუფერს 25 მმ კონცენტრაციით. ეს ინარჩუნებს ხსნარის pH- ს ახლო ფიზიოლოგიურ 8.0-ს, იდეალურ pH- ს პლაზმური დნმ-ის მჟავა ჰიდროლიზის (დეგრადაციის) და სხვა უჯრედის კომპონენტების არასასურველი გვერდითი რეაქციების თავიდან ასაცილებლად.
EDTA ხელს უშლის დნმ-ის დეგრადაციას
EDTA, ან ეთილენამინტეტერაცეტის მჟავა ხსნის გამო იტაცებს ან "ქელატებს" ლითონის იონებს, ხელს უშლის მათ არასასურველი გვერდითი რეაქციების მონაწილეობაში. GTE ბუფერში EDTA ემატება 10 მმ-ზე. მისი ძირითადი დანიშნულებაა ბუფერში თავისუფალი თუთიის, მაგნიუმის და კალციუმის მრგვალება, რითაც ხელს უშლის დნმ-ის დეგრადაციას გარკვეული გზებით, რომლებიც საჭიროებს ამ მეტალებს.
რამდენიმე მნიშვნელოვანი რჩევა
გაახალეთ თქვენი GTE ბუფერული ცივი და გააკეთეთ მცირე რაოდენობით, რათა თავიდან აიცილოთ მასში არასასურველი ბაქტერიების ზრდა. შაქარი და კონტროლირებადი pH ქმნის დიდ ზრდის საშუალებას. ყოველთვის გამოიყენეთ გაწმენდილი წყალი. ონკანის წყალს შეიძლება ჰქონდეს ლითონის იონების ჭარბი მილებიდან, რამაც შეიძლება გადალახოს EDTA– ს დაჭერის უნარი. თუ ეჭვი გაქვთ თქვენს ნიმუშში რნმ-ის ჩარევაში ყოფნას, დაამატეთ RNase A 100 მიკროგრამი მილილიტრში თქვენს GTE ბუფერულს პრობლემის აღმოსაფხვრელად.