ძირითადი ტიპის ბაქტერიები ტრადიციულად კლასიფიცირდება ფიზიკური მახასიათებლების ან რეაქციების მიხედვით, სხვადასხვა სახის შეღებვაზე. მოლეკულური გენეტიკის გაჩენამ ბაქტერიების სხვადასხვა ჯგუფების უფრო ფრთხილად დაყოფის საშუალება მისცა. მრავალი მეცნიერის აზრით, ბაქტერიების ძველი კლასიფიკაცია უნდა გაიყოს ორ ან მეტ სამეფოდ.
ცოცხალი არსებების უმაღლესი კლასიფიკაციაა სამეფოები. ბაქტერიები ოდესღაც კლასიფიცირებულ იქნა ერთ სამეფოში, რომელიც ცნობილია როგორც პროტისტა, მაგრამ მრავალი მეცნიერი ამტკიცებს, რომ ძველი სამეფო მოლეკულური გენეტიკური მტკიცებულებების საფუძველზე უნდა დაიყოს ორ სამეფოდ. ახალი სამეფოები იქნებოდნენ ნამდვილი ბაქტერიები, ეუბაქტერიები და უძველესი ბაქტერიები, არქეაბაქტერიები, რომლებიც დღეს ექსტრემალურ გარემოში გადარჩებიან. ზოგი ვარაუდობს, რომ ახალი ფილოგენეტიკური განყოფილებაა ცნობილი, როგორც დომენები ან სუპერქანები, რადგან არქეაბაქტერიები იმდენად მკაფიოა, რომ ისინი შეიძლება დაიყოს სამ საკუთარ სამეფოდ: Crenarchaeota, თერმოფილური ბაქტერიები; ევროარქეოტა, ჰალოფილური და მეტანოგენური ბაქტერიები; და კორარხეოტა, რომელიც გვხვდება ცხელ წყაროებში.
Archaebacteria- ს გარდა სხვა ბაქტერიებისათვის არსებობს ხუთი განსხვავებული ფილუმი, შემდეგი ტოტი ფილოგენეტიკური ხისგან. პროტეობაქტერიები მცენარეთა სიმბიოზურია და მათ ატმოსფეროდან აზოტის გამოსწორებაში ეხმარება. ციანობაქტერიები ცნობილია როგორც ლურჯი-მწვანე ბაქტერიები. ეუბაქტერიები ტრადიციულად კლასიფიცირებულია გრამდადებითი ბაქტერიები და აქვთ უჯრედის კედლები, რომლებსაც სხვა ბაქტერიებისგან განსხვავებული შრეები აქვთ. Spirochetes იზრდება spiraled კოლონიები. ქლამიდიები უჯრედშიდა პარაზიტებია.
ბაქტერიები შეიძლება შეფასდეს, როგორც პათოგენური (დაავადების გამომწვევი) ან არაპათოგენური. ისინი ასევე შეიძლება შეფასდეს, როგორც გრამდადებითი ან გრამუარყოფითი. ეს ეხება თუ არა ისინი შთანთქავენ საღებავს გრამის შეღებვით. გრამდადებითი ბაქტერიები არ გააჩნიათ გარეთა უჯრედის მემბრანა და პეპტიდოგლიკანები საშუალებას აძლევენ მათ შეღებონ კრისტალური იისფერით. გრამუარყოფით ბაქტერიებს აქვთ გარე უჯრედული მემბრანა, მაგრამ არ აქვთ პეპტიდოგლიკანები, რაც ხელს უშლის მათ შეღებვას.