ალბათ ყველაზე მნიშვნელოვანი გზა იმისა, რომ ობის სპორები განსხვავდება ბაქტერიული ენდოსპორებისგან, არის ის, რომ ფორმები კლასიფიცირდება, როგორც ე.წ. უმაღლესი სოკოები. როგორც ასეთი, მათში გამოსახულია ის, რასაც ბიოლოგები ევკარიოტული უჯრედის ტიპს უწოდებენ. მეორეს მხრივ, ბაქტერიული ენდოსპორა წარმოიქმნება ბაქტერიებისგან, რომლებიც ჯგუფურად კლასიფიცირებულია, როგორც პროკარიოტული უჯრედების ტიპი. პროკარიოტულ უჯრედსა და ეუკარიოტულ უჯრედს შორის განსხვავება ფუნდამენტურია ბიოლოგიაში. უმარტივესი თვალსაზრისით, ბაქტერიული უჯრედი სტრუქტურულად გაცილებით მარტივია.
ეუკარიოტული უჯრედი, ისევე როგორც ობის სპორებში, სავსეა უჯრედული სტრუქტურების კომპლექსით, რომლებსაც უწოდებენ ორგანელებს. Organelles ახორციელებს უჯრედის ყველა ფუნქციის ფუნქციას და ერთ-ერთი ყველაზე თვალსაჩინო organelles არის ბირთვი. ფორმის სპორების ეუკარიოტული უჯრედის ბირთვი შეიცავს დნმ-ს, რომელიც უჯრედს ფუნქციონირებისა და გამრავლების საშუალებას აძლევს. ეს განსხვავდება ბაქტერიული ენდოსპორებისგან, რომელშიც დნმ მეტ-ნაკლებად თავისუფალია უჯრედის ციტოპლაზმაში.
ბირთვის გარდა, ეუკარიოტული ფორმის სპორის უჯრედი შეიცავს ისეთ ორგანელებს, როგორიცაა ენდოპლაზმური ქსელი ან ER. ER არსებითად ჰგავს დაკეცილი მემბრანის ლაბირინთს, რომელშიც ტარდება მრავალი ბიოქიმიური პროცესი უჯრედისთვის. ობის ფორმებში ER უკავშირდება ბირთვულ კონვერტს, მემბრანს, რომელიც გარს აკრავს უჯრედის ბირთვს. ბაქტერიულ ენდოსპორებში ეს შეთანხმება არ არსებობს.
ბაქტერიული ენდოსპორა პრაქტიკულად ვერ ახასიათებს უჯრედული დახვეწილობის არცერთ დონეს, რომელიც ეუკარიოტული ობის ფორმის სპორებშია. კიდევ ერთი განსხვავება ბაქტერიულ ენდოსპორებსა და ობის სპორებს შორის - უჯრედების ტიპის ფუნდამენტური განსხვავების გარდა - არის მათი როლი მათი ორგანიზმების ცხოვრების ისტორიაში. ბაქტერიული ენდოსპორა არის რეზისტენტული სტრუქტურა, რომელიც წარმოიქმნება ბაქტერიის უჯრედში. MOLD სპორებისგან განსხვავებით, ბაქტერიული ენდოსპორა სპეციალურად არის ადაპტირებული, რომ წინააღმდეგობა გაუწიოს გარემო პირობებს. ბაქტერიული ენდოსპორის ძირითადი მახასიათებელია ნაერთი, რომელსაც დიპიკოლინის მჟავა ეწოდება. ეს ნაერთი, თუმც არ არის გავრცელებული ობის ფორმებში, მნიშვნელოვან როლს ასრულებს ბაქტერიული ენდოსპორის მდგრადობას არახელსაყრელი გარემო პირობების მიმართ.
უამრავი სხვაობაა ბაქტერიულ ენდოსპორებსა და ობის სპორებს შორის. მათ უმეტესობას უკავშირდება ფუნდამენტური განსხვავება ეუკარიოტულ და პროკარიოტულ უჯრედებს შორის. მრავალი სხვა ორგანელი უკვე აღწერილი გარდა იმყოფება ობის ფორმში, მაგრამ არ არსებობს ბაქტერიულ ენდოსპორში. ეს მოიცავს სტრუქტურას, რომელსაც გოლჯის აპარატს უწოდებენ და სხვებს, როგორიცაა ე.წ. ბირთვი. ნუკლეოლი არის სტრუქტურა ეუკარიოტული უჯრედების ბირთვში და აქტიურია უჯრედების ფუნქციონირებისთვის კრიტიკული ცილების სინთეზში. ბაქტერიული ენდოსპორები ასრულებენ ცხოვრების ერთსა და იმავე მნიშვნელოვან ფუნქციებს, როგორც ობის სპორები, მაგრამ ისინი ამას ახდენენ დახვეწილი ორგანელებით სარგებლობის გარეშე, რომლებიც ფორმდება სპორის ფორმებში.