ნატრიუმის დოდეცილ სულფატ-პოლიაქრილამიდის გელის ელექტროფორეზი (SDS-PAGE) წარმოადგენს ხსნარში ცილების იდენტიფიკაციის ბიოქიმიურ მეთოდს. როგორც მათუშმა და სხვებმა აჩვენეს "ბიოქიმიაში", ცილის ნიმუშები პირველად იტვირთება პოლიაკრილამიდის გელი ბლოკის ერთ ბოლოს "ჭაბურღილებში" ან ნახვრეტებში. შემდეგ ელექტრო ველი გამოიყენება გელზე. დატვირთულ ნიმუშებს ემატება SDS, რომელიც უარყოფს ცილების ბუნებრივ მუხტს. ამ მიზეზით, მხოლოდ ცილის მოლეკულური წონა განსაზღვრავს ცილების მიგრაციის სიჩქარეს, რადგან ისინი გელის საშუალებით დადებითად დამუხტული პოლუსისკენ მიდიან, აღნიშნავს Bitesize Bio. მრავალი ცილა ერთსა და იმავე ნიმუშში ერთმანეთისგან განცალკევდება და მიგრირდება სხვადასხვა მდგომარეობაში.
ორიენტირება გელის ფოტოსურათზე. "ზედა" არის ჭაბურღილების ადგილმდებარეობა, სადაც თავდაპირველად დაემატა ნიმუშები. "ქვედა" არის ის, სადაც ნიმუშები მიგრირდება და ყველაზე ხშირად შეიცავს საღებავის ფრონტს, რომელიც მიუთითებს ნიმუშების მიგრირებად ფრონტზე. მარცხნივ ან მარჯვნივ უნდა შეიცავდეს "მარკერს", რომელიც გამოიყენება როგორც მოლეკულური წონის პროგნოზირებადი სახელმძღვანელო.
თითოეული ზოლის ნიმუშების ეტიკეტირება. ზემოდან ჭაბურღილებს დამატებული ნიმუშები ვერტიკალურად გადაადგილდებიან "ბილიკებში". ამიტომ, ვერტიკალურ სვეტში ხილული ყველა ზოლი მოვიდა ერთი ნიმუშიდან, რომელიც დატვირთულია მის პირდაპირ. გამოიყენეთ მმართველი და კალამი ზოლებზე საზღვრების დასაყენებლად, თუ სვეტების წარმოდგენა რთულია.
ზოლების მოლეკულური ზომების მარკირება მარკერის ზოლში. კომერციულად ხელმისაწვდომი მარკერები შეიცავს ჯგუფის ნიმუშის სურათს, რომელიც უნდა ველოდოთ თითოეული ჯგუფის მოლეკულურ წონებს. ზოლები არის მუქი ჰორიზონტალური "ზოლები", რომლებიც სინამდვილეში არის ნახარშით ჩაშენებული ცილა.
დახაზეთ მსუბუქი ჰორიზონტალური ხაზები, რომლებიც გადადის მარკერის თითოეული ზოლიდან გელის საპირისპირო კიდეზე. ფრთხილად იყავით, რომ ეს ხაზები გაკეთდეს ჭაბურღილების პარალელურად და საღებავის ფრონტზე. ეს ხაზები მიუთითებს, თუ სად უნდა განთავსდეს მოლეკულური წონის ცილები თითოეული მარკერის ზოლის მიერ თითოეულ ზოლში. მაგალითად, მე -4 ზოლის ზოლი, რომელიც მდებარეობს 25 კილოდალტონიდან გადაჭიმული ხაზის ქვემოთ მარკერის ზოლის თანახმად, მე -4 ზოლის ზომა მოლეკულურია თითქმის 25 კილოდალტონი წონა
თითოეული ზოლის ეტიკეტირება თითოეულ ზოლში მისი სავარაუდო მოლეკულური წონით. გამოიყენეთ მარკერები სახელმძღვანელოდ და შეაფასეთ მნიშვნელობები მარკერების ზომებს შორის.
გელის ფოტოს ქვემოთ, შეადგინეთ "პროტეინების" სია თითოეული ზოლისთვის. დაიწყეთ იმის თქმით, თუ რა არის ცნობილი თითოეული ნიმუშის შესახებ, მაგალითად, მისი წარმოშობა ან პირობები. შემდეგ ჩამოთვალეთ ზოლის თითოეული ზოლის სავარაუდო მოლეკულური წონა. ზოლები ერთი ზოლით მიუთითებს, რომ ნიმუში შეიცავს მხოლოდ ერთ ცილას. მრავალი ზოლის ზოლები მიუთითებს მრავალი ცილის არსებობაზე. ზოლები, რომლებიც მუშაობს მიგრაციის ფრონტზე, უფრო მცირეა, ვიდრე შემოთავაზებულია უახლოესი მარკერით და, სავარაუდოდ, მათი პროგნოზირება შეუძლებელია, გარდა იმ მნიშვნელობისა, რაც მარკერი მიუთითებს.
ცილების ჩამონათვალში აღნიშნეთ უცნაურობები. "ნაცხის" გარეგნობამ შეიძლება მიუთითოს, რომ ძალიან ბევრი ცილაა ან რომ ნიმუშის სიბლანტე გავლენას ახდენს მის მიგრაციაზე, თუ ზოლები სცილდება ზოლის პირას ან საკმაოდ დიდია სხვა ზოლებთან შედარებით, მაშინ ამ ცილის კონცენტრაცია ძალიან მაღალია და მომავალში უნდა განზავდეს ელექტროფორეზი. მონაცრისფრო ელფერი მთელ ზოლში, მუქი ვიდრე ფონის გელის ფერი, მიუთითებს ცილის ფრაგმენტებზე, რომლებიც არ განსხვავდება.
განსაზღვრეთ პროტეინების იდენტურობა თითოეულ ზოლში. მიუხედავად იმისა, რომ ეს ხდება მხოლოდ მოლეკულური წონის გამოყენებით, თითოეული ხაზის წყარო სავარაუდოდ მიანიშნებს მინიშნებებზეც. გაითვალისწინეთ, რომ ზოგიერთ პირობებში, ცილებს შეუძლიათ შეინარჩუნონ დიმერის ან ტრიმერის კავშირი გელზე. ამიტომ, ერთი ცილა შეიძლება გამოჩნდეს ლარზე, როგორც სამი განსხვავებული ზოლი. მაშინაც კი, თუ ცილების იდენტიფიცირება შეუძლებელია, ზოლების ფარდობითი სიბნელე შეიძლება გულისხმობდეს ცილების კონცენტრაციას ხსნარში. ნებისმიერი ცნობისმოყვარე და უცნობი ცილების გამოყოფა შესაძლებელია ორიგინალური გელიდან და გაგზავნის იდენტიფიკაციისთვის.
რაც დაგჭირდებათ
- SDS-PAGE ლარის ფოტოსურათი, ნახატი
- გამოყენებულია მოლეკულური წონის მარკერის გასაღები
- მმართველი
- კალამი