იონების გაცვლა ფართოდ გამოიყენება წყლის სამკურნალოდ, როგორც სამრეწველო, ასევე მუნიციპალური წყლის გაწმენდის სისტემებში. ეს პროცესი მრავალ უპირატესობას ანიჭებს მკურნალობის სხვა მეთოდებს. ეს არის გარემოს მეგობრული, შეუძლია უზრუნველყოს გაწმენდილი წყლის მაღალი დინების სიჩქარე და აქვს დაბალი შენარჩუნება. ამ უპირატესობებთან ერთად, არსებობს გარკვეული უარყოფითი მხარეები, რომლებიც დაკავშირებულია იონების გაცვლასთან, მაგალითად, კალციუმის სულფატის გაფუჭება, რკინა გაფუჭება, ორგანული ნივთიერებების ადსორბცია, ფისოვანი ორგანული დაბინძურება, ბაქტერიული დაბინძურება და ქლორი დაბინძურება.
კათიონის ფისისთვის გამოყენებული ყველაზე გავრცელებული რეგენერატორი (ქიმიური ნივთიერება, რომელიც გამოიყენება ფისის დასატენად) არის გოგირდმჟავა. ზოგიერთ უკიდურესად მყარ წყალში არის დიდი რაოდენობით კალციუმი და როდესაც ეს კალციუმი რეაგირებს რეგენერაციულ გოგირდმჟავასთან, ის ქმნის კალციუმის სულფატს, როგორც ნალექი რეგენერაციის პროცესში. ამ ნალექმა შეიძლება გააფუჭოს ფისოვანი მძივები და შეუძლია დაბლოკოს მილები ჭურჭელში.
მიწისქვეშა წყლის ჭაბურღილების წყალს აქვს ხსნადი რკინა შავი იონის სახით. ამ რკინის მცირე რაოდენობას იონების სანაცვლო დამარბილებლები იღებენ, მაგრამ თუკი ამ საკვებ წყალს დამუშავებამდე დაუკავშირდება ჰაერი, შავი ფერის იონები გარდაიქმნება ნატრიუმის იონებად. ეს რკინის იონები ილექება, როგორც რკინის ჰიდროქსიდი, წყალთან რეაგირების შემდეგ. ამ ნაერთს შეუძლია ააფეთქოს ფისოვანი მძივები და გავლენა მოახდინოს ფისის ეფექტურობაზე. ამან შეიძლება გამოიწვიოს დამარბილებელი სვეტის უკმარისობა.
ტბებისა და მდინარეების საკვების წყალი ჩვეულებრივ შეიცავს დიდი რაოდენობით გახსნილ ორგანულ ნივთიერებებს. ამ საკვების წყლის ყვითელი ან ყავისფერი ფერი განპირობებულია გაუარესებული მცენარეულობით და მასში არსებული სხვა ორგანული ნივთიერებებით. ეს ორგანული ნივთიერებები შეიძლება მუდმივად შეიწოვება ფისის მძივებში, რის შედეგადაც შემცირდება ფისოვანი ეფექტურობა. ამრიგად, დამუშავებული წყლის ხარისხი დეგრადირებულია. ამ ორგანული დამაბინძურებლების მოცილება შესაძლებელია ფისით დამუშავებამდე, საკვების წყლის ალმურით დამუშავებით, ორგანული ნივთიერებების დასალექებლად.
თვითონ იონგაცვლითი ფისი ზოგჯერ შეიძლება გახდეს ორგანული დაბინძურების წყარო. ახალ იონგაცვლილ ფისოს ხშირად წარმოების შემდეგ ფისურ მძივებში რჩება ორგანული ელემენტები. ფისის ასეთი დაბინძურება შეიძლება განკურნდეს დამუშავებული წყლის ულტრა ფილტრაციის გამწმენდი ნაგებობის გავლით.
იონგაცვლითი ფისები არ აშორებს მიკროორგანიზმებს, როგორიცაა ბაქტერიები საკვებისმიერი წყლიდან, მაგრამ ზოგჯერ ხელს უწყობს ბაქტერიების ზრდას. ფისოვანი საწოლებით შეიძლება დაგროვდეს ორგანული ნივთიერებები, რომლებიც საკვები ნივთიერებების წყაროს წარმოადგენს ბაქტერიების უწყვეტი ზრდისთვის. როდესაც დამუშავების შემდეგ საჭიროა სტერილური წყალი, იონების გაცვლის გამწმენდი ნაგებობის მიერ წარმოებული დემინერალიზებული წყალი უნდა დამუშავდეს სითბოს, ულტრაიისფერი დასხივების ან ძალიან წვრილი ფილტრაციით. იონის გაცვლითი ფისოვანი საწოლები შეიძლება დამუშავდეს სადეზინფექციო საშუალებებით, როგორიცაა ფორმალდეჰიდი, მაგრამ არა სითბოთი ან ქლორით, რადგან ისინი აზიანებენ ფისს.