პათოგენები მიკრობებია, რომლებიც დაავადებებს იწვევენ მათ მასპინძლებში. მიუხედავად იმისა, რომ მცენარეებს, ჩვეულებრივ, უფრო ეშინიათ ნიადაგის პათოგენური სოკოებისგან, ვიდრე ნიადაგის ბაქტერიული დაავადებების, მრავალფეროვანი პათოგენური ბაქტერია, რომლებიც ნიადაგში ცხოვრობენ, დაავადებებს იწვევს მცენარეებშიც. ნიადაგის მცენარეული პათოგენების ძალიან ბევრი სახეობაა ყველა მათგანის ჩამოსათვლელად, მაგრამ ქვემოთ მოცემულია რამდენიმე ყველაზე მნიშვნელოვანი ან გავრცელებული. ნიადაგის რამდენიმე სახეობის ბაქტერია შეიძლება აღმოჩნდეს საშიში ან თუნდაც მომაკვდინებელი ადამიანისთვის.
Clostridium botulinum
გ. botulinum არის გრამდადებითი ბაქტერია (ე.ი. ბაქტერია, რომელიც დადებითია გრამის შეღებვის ტესტზე), რომელიც ქმნის მყარ, გამძლე სპორებს. როდესაც სპორები იპოვნიან შესაბამის პირობებს, ისინი იღვრებიან და იწყებენ ზრდას. მათ შეუძლიათ წარმოქმნან მომაკვდინებელი ცილა, სახელწოდებით ბოტულინის ტოქსინი, რომელიც მოქმედებს ნერვულ სისტემაზე ადამიანებში და სხვა ძუძუმწოვრებში, რათა დაბლოკოს ძირითადი ნეიროგადამცემი, აცეტილქოლინი. გ. ბოტულინის სპორები გვხვდება ნიადაგსა და წყალში მსოფლიოს მრავალ რეგიონში. ისინი ანაერობულია და მხოლოდ ჟანგბადის არარსებობის პირობებში იზრდება. მჟავე პირობები აფერხებს მათ ზრდას. მიუხედავად იმისა, რომ C. botulinum ზოგჯერ იწვევს საკვები პროდუქტებით გამოწვეულ დაავადებას, რომელსაც ბოტულიზმი ეწოდება, ძლიერი ტოქსინის წარმოქმნით ბაქტერია ასევე გახდა სასარგებლო კუნთოვანი ქსოვილის პარალიზებისათვის, როგორც სხვადასხვა სამედიცინო ან კოსმეტიკური საშუალება პროცედურები. თერაპიულ აგენტად გამოყენებისას, ბოტულინის ტოქსინი ცნობილია თავისი სავაჭრო სახელით, ბოტოქსი.
ერვინია კაროტოვორა
ე. carotovora არის ძალიან დესტრუქციული პათოგენი, რომელიც იწვევს დაავადებებს მცენარეთა ფართო სპექტრში, მათ შორის კარტოფილში და სხვა ხორციან ბოსტნეულში. ეს გრამუარყოფითი, ჯოხის ფორმის ბაქტერიას შეუძლია შემოიაროს კულტურები მინდორში ან შენახვის დროს. ქვესახეობა ე. carotovora carotovora კარგად გადარჩა ნიადაგისა და ზედაპირულ წყლებში; მას შეუძლია გაიზარდოს მრავალი სხვა არაჰოსტიანი კულტურის ან თუნდაც სარეველების სახეობის ფესვებში, შემოიჭრა კარტოფილი ან სხვა დაუცველი კულტურები, როცა შესაძლებლობა მოგეცემათ. კარტოფილის საერთო დაავადებები, რომლებიც გამოწვეულია ე. carotovora მოიცავს შავი ფეხი, საჰაერო ღეროვანი rot და tuber რბილი rot.
სტრეპტომიების სკაბი
Streptomyces scabies არის გრამდადებითი ბაქტერიები, რომლებიც Streptomyces- ის ორ სხვა სახეობასთან ერთად (S. მჟავიანობა და ს. turgidiscabies) შეიძლება დაინფიცირდეს კარტოფილი და სხვა ძირეული კულტურები, როგორიცაა ჭარხალი, ბოლოკი, ტურნიკი, სტაფილო და ხახვი. ეს არაჩვეულებრივია იმით, რომ ზრდის დროს უჯრედები ქმნიან სოკოების მიერ შექმნილ ძაფებს, თუმცა გაცილებით მცირეა. ფილები ს. შემდეგ სკაბებს შეუძლიათ გატეხონ სპორები. ბაქტერიები ვრცელდება ახალგაზრდა, სუფთა ქსოვილებში შეჭრით და ძველ ქსოვილებში შეღწევას ჭრილობების ან ბუნებრივი ღიობების საშუალებით.
ქსანთომონასი
Xanthomonas არის გვარი, რომელიც მოიცავს ბევრ მნიშვნელოვან მცენარეთა პათოგენებს. მიუხედავად იმისა, რომ ისინი ძალიან დიდხანს არ ინარჩუნებენ ნიადაგს, ზოგიერთ სახეობას შეუძლია ზამთარში გადარჩეს და გაზაფხულზე ახალი მოსავლელი დააინფიციროს. ისევე როგორც ყველა სხვა პროტეობაქტერია, ისინი გრამუარყოფითია. სახეობა X. campestris იწვევს მრავალ ლორწოს მცენარეთა შავ ლპობას და, ალბათ, გვარის ყველაზე მნიშვნელოვანი წარმომადგენელია. ბედის ირონიით, იგივე ბაქტერია კომერციულად მოჰყავთ და წარმოქმნიან ქსანტანურ რეზინს, საკვებ დანამატს.