ტყეების გაჩეხვის ყველაზე მაღალი მაჩვენებელი კამბოჯაში მსოფლიოში მესამეა, რაც გამოწვეულია ხე-ტყის მოსავლით და სოფლის მეურნეობისთვის გამჭვირვალე ჭრით. ტყეების გაჩეხვა ანადგურებს ჰაბიტატებს და არღვევს დელიკატური ტროპიკული ნიადაგების ბალანსს. ხეების გარეშე ნიადაგის ადგილზე დაჭერისა და ორგანული ნივთიერებების ფოთლის ნარჩენებით შევსების გარეშე, ნიადაგი სწრაფად იშლება და ნაყოფიერების დიდ ნაწილს კარგავს გაშენების პირველი რამდენიმე წლის განმავლობაში.
კამბოჯის სანაპირო ეკოსისტემებს, რომელთაგანაც უმეტესობა არის მანგროვის ტყეები, რომლებიც თევზების მნიშვნელოვან კვერცხუჯრედებს ქმნის და წყალდიდობებისგან იცავს, რამდენიმე ფაქტორი ემუქრება. სანაპირო ეკოსისტემებს ახშობენ ბოლო პერიოდში ტყეების ტყეებში ჩამორეცხილი ნალექებისგან. ამ წყლებში ასევე არის საშიში პესტიციდები და სასუქები. ცუდად მოწესრიგებული კრევეტების მეურნეობები იწვევს მანგროვების გაწმენდას და წყალში ჭარბი საკვები ნივთიერებების გამოყოფას, რის შედეგადაც წყალმცენარეები იზრდება და ეკოსისტემა ირღვევა.
კამბოჯის ინდუსტრიალიზაციის შედეგად, ხალხი მიედინება ურბანულ ადგილებში, რომლებიც ძალიან სწრაფად იზრდება, რომ სანიტარული ინფრასტრუქტურა არ შეინარჩუნოს. ბევრ რაიონში არ არის საკანალიზაციო სისტემა, ან ისინი უკეთესად ფუნქციონირებენ. კანალიზაცია და სამრეწველო ჩამდინარე წყლები აბინძურებს მიწისქვეშა და ზედაპირულ წყლებს ბევრ ურბანულ უბანში. საშიში მყარი ნარჩენები ხშირად ნახულობს გზას ნაგავსაყრელების გასახსნელად, სადაც მათ შეუძლიათ მიწისქვეშა წყლებში ჩაედინება ან ქარმა დაუბერა.