Forse il modo più importante in cui le spore della muffa differiscono dalle endospore batteriche è che le muffe sono classificate come i cosiddetti funghi superiori. In quanto tali presentano ciò che i biologi chiamano il tipo di cellula eucariotica. Le endospore batteriche d'altra parte si formano da batteri che sono, come gruppo, classificati come aventi il tipo di cellula procariotica. La differenza tra la cellula procariotica e la cellula eucariotica è fondamentale in biologia. In parole povere, la cellula batterica è strutturalmente molto più semplice.
La cellula eucariotica, come quelle nelle spore della muffa, è piena di un complesso di strutture cellulari chiamate organelli. Gli organelli svolgono tutti i tipi di funzioni cellulari e uno degli organelli più cospicui è il nucleo. Il nucleo delle cellule eucariotiche delle spore della muffa contiene il DNA che consente alla cellula di funzionare e riprodursi. Questo è in contrasto con le endospore batteriche in cui il DNA è più o meno libero nel citoplasma della cellula.
Oltre al nucleo, la cellula spore della muffa eucariotica contiene organelli come il reticolo endoplasmatico o ER. L'ER è essenzialmente come un labirinto di membrane piegate in cui vengono eseguiti molti processi biochimici vitali per la cellula. Nelle spore della muffa l'ER è collegato all'involucro nucleare, una membrana che circonda il nucleo cellulare. Nelle endospore batteriche questa disposizione è carente.
Le endospore batteriche non presentano praticamente nessuno del livello di sofisticatezza cellulare presente nelle spore di muffe eucariotiche. Un'altra distinzione tra endospore batteriche e spore di muffe, oltre alla loro fondamentale differenza di tipo cellulare, è il ruolo che svolgono nelle storie di vita dei rispettivi organismi. Un'endospora batterica è una struttura resistente che si forma all'interno della cellula di un batterio. A differenza delle spore della muffa, l'endospore batterica è particolarmente adatta per resistere a condizioni ambientali avverse. Una caratteristica chiave delle endospore batteriche è un composto chiamato acido dipicolinico. Questo composto, sebbene non prevalente nelle spore della muffa, è determinante nel mediare la resistenza delle endospore batteriche a condizioni ambientali avverse.
Esistono numerose altre differenze tra endospore batteriche e spore di muffe. La maggior parte di esse ha ancora a che fare con la distinzione fondamentale tra cellula eucariotica e cellula procariotica. Molti altri organelli oltre a quelli già descritti sono presenti nella spora della muffa ma assenti nell'endospora batterica. Questi includono una struttura chiamata apparato di Golgi e altri come il cosiddetto nucleolo. Il nucleolo è una struttura all'interno del nucleo delle cellule eucariotiche ed è attivo nella sintesi proteica fondamentale per la funzione cellulare. Le endospore batteriche svolgono molte delle stesse funzioni vitali essenziali delle spore della muffa, ma lo fanno senza i benefici dei sofisticati organelli presenti nella spora della muffa.