Gli ecosistemi della foresta pluviale ospitano alcune delle comunità animali più dense e diversificate della Terra. Tuttavia, le foreste pluviali sono costantemente sfruttate per le loro ricche risorse. Pratiche umane come l'estrazione mineraria e la deforestazione hanno gravi effetti su questi habitat, causando la perdita della casa di innumerevoli specie di animali a un ritmo allarmante.
Uccelli
Diverse specie di tucani, pappagalli e altri uccelli tropicali delle foreste pluviali del Sud e Centro America sono minacciate di estinzione a causa del disboscamento e di altre cause di deforestazione. L'aquila arpia, una delle più grandi specie di aquile conosciute in tutto il mondo, prospera nelle pianure della foresta pluviale tropicale dal Messico meridionale alla Bolivia orientale; l'habitat di questo uccello si riduce costantemente a causa delle pratiche di deforestazione e della distruzione dei siti di nidificazione da pratiche industriali come l'estrazione mineraria e la trivellazione petrolifera. La perdita di habitat minaccia anche migliaia di specie di uccelli migratori. Queste specie viaggiano verso nord durante l'estate nordamericana e tornano ai tropici durante l'inverno; sempre più ritornano ogni anno senza trovare casa e/o luoghi di nidificazione distrutti.
Mammiferi
Una vasta gamma di specie di mammiferi stanno perdendo le loro case nella foresta pluviale, dal più piccolo roditore al più grande predatore. Molti mammiferi più grandi hanno bisogno di molto spazio per foraggiare e/o cacciare. Man mano che le pratiche industriali progrediscono in alcune aree, i mammiferi della foresta pluviale come gorilla, giaguari e puma devono confinarsi in habitat frammentati con risorse insufficienti. La deforestazione colpisce più direttamente i mammiferi arboricoli (quelli che vivono sugli alberi), come lo scoiattolo volante e il pipistrello della frutta, oltre a diverse specie di scimmie. Intere comunità rimangono senza casa, costringendole ad adattarsi ad ambienti privi di alberi per i quali sono impreparate.
Rettili e Anfibi
La deforestazione rappresenta la principale causa di perdita di habitat per la maggior parte dei rettili della foresta pluviale, mentre molte specie di anfibi stanno perdendo anche le loro case a causa di trivellazioni petrolifere e pratiche minerarie che contaminano stagni, fiumi e torrenti, costringendoli a trovare nuove fonti d'acqua per i loro stili di vita semiacquatici. Le specie di rettili e anfibi minacciate e in via di estinzione includono il rospo dorato, il geco diurno del Madagascar e le iguane, oltre a diverse specie di rane dardo velenose, in particolare quelle della Colombia.