Conosciuta per la sua biodiversità, la Malesia ospita 15.000 piante da fiore. Tuttavia, la flora e la fauna della nazione sono gravemente minacciate e hanno subito un impoverimento del 70% della crescita originale. Secondo la Lista Rossa dell'Unione Internazionale per la Conservazione della Natura (IUCN), la Malesia ha 686 specie di piante in via di estinzione a partire dal 2007. Le leggi malesi proteggono uccelli, mammiferi e insetti. Flora e fauna sono protette solo se crescono all'interno di un parco nazionale o di una riserva.
I principali tipi di foresta in Malesia sono Giam Kanching o rara foresta di dipterocarp, foresta di mangrovie, foresta di paludi di torba e foresta di ericacee montane, secondo il Worldwide Wildlife Fund. L'albero dipterocarpo, noto per i suoi frutti con semi a due ali, cresce su terreni appena sopra il livello del mare ad un'altitudine di circa 900 metri. Le foreste di dipterocarpi di pianura, che si trovano fino a 300 metri sul livello del mare, sono state decimate a causa dell'agricoltura e di altre attività ad alta intensità di terra. Mentre una tasca di alberi dipterocarp è protetta nella Riserva forestale di Kanching, questa specie è considerata in pericolo di estinzione, sull'orlo dell'estinzione, nella Lista Rossa.
Questa pianta tropicale carnivora cresce solo nelle foreste muschiose a un'altitudine di 2.000-2.600 metri sul Monte Trus Madi nel Borneo. La Nepenthes macrophylla ha foglie a forma di brocca che pendono da viti lunghe dieci metri. Gli insetti scivolano dalla parte superiore cerosa del fiore in una pozza di acido secreta dalle ghiandole nella parte inferiore del fiore, secondo l'ASEAN Review of Biodiversity & Environmental Conservation. La Lista Rossa della IUCN ha classificato la Nepenthes macrophylla come in pericolo critico.
Considerato in pericolo di estinzione nella Lista Rossa, Taxitheliella richardsii è un muschio della famiglia delle Sematophyllaceae e originario della Malesia. L'unica area nota (meno di 10 km²) in cui è stato trovato il muschio è nel Sarawak, uno stato malese nel Borneo nord-occidentale. Taxitheliella richardsii cresce su viti legnose e tronchi marci nelle foreste subtropicali, un habitat che sta scomparendo a causa della raccolta e del disboscamento del legno.