Situato in parte all'interno delle Ande settentrionali, con coste sia sull'Oceano Pacifico che sul Mar dei Caraibi, La geografia unica della Colombia crea cinque ecosistemi altamente distintivi all'interno dei suoi confini: tundra alpina, o paramo; foresta pluviale; foreste pluviali d'alta quota; regioni costiere; e pianure -- o los llanos. Poiché la Colombia è così vicina all'equatore, non subisce significative variazioni stagionali.
Paramos
I paramos sono ecosistemi tropicali d'alta quota che stanno appena iniziando a essere compresi dalla comunità scientifica. La ricerca ha indicato che questi ecosistemi unici generano nuove specie più velocemente di qualsiasi altro ecosistema sulla Terra. I paramos colombiani ospitano 68 specie di frailejones, piante da fiore che catturano l'acqua dalle nebbie passeggere. Insieme al lichene e al muschio dell'ecosistema, i frailejones filtrano e regolano l'acqua che alla fine passa nelle quote più basse della Columbia. I paramos colombiani ospitano anche circa 5.000 altre specie di piante uniche.
foreste pluviali
Sedute appena sotto i paramos in elevazione ci sono le foreste pluviali della Colombia. Queste foreste sono incluse nel parco nazionale di Las Orquídeas, che prende il nome dalle oltre 200 specie di orchidee che vi si trovano. Le foreste pluviali contengono anche molte altre specie originarie della Colombia, tra cui specie di giaguaro, puma, scimmia, cervo, uccelli, pipistrelli e insetti. Le foreste pluviali ospitano anche l'orso dagli occhiali in via di estinzione. Gli scienziati ritengono che il cambiamento climatico possa influenzare le piante preferite dell'orso da mangiare, costringendole a cercare cibo più a lungo e più lontano e possibilmente mettendole in competizione con altre specie.
Foresta pluviale amazzonica
Circa un terzo della Colombia è coperto dall'Amazzonia; come il resto della più grande foresta pluviale del mondo, questa zona ospita numerose specie uniche. Nel 2013, i ricercatori hanno rivelato la scoperta di due nuove specie nell'Amazzonia colombiana: Cercosaura hypnoides e Callicebus caquetensis. La Cercosaura hypnoides è una piccola lucertola nera che si pensa sia in via di estinzione e Callicebus caquetensis è una delle circa 20 specie di scimmie titi che vivono in Amazzonia. Quando queste scimmie sono bambini, mostrano la loro contentezza e affetto facendo le fusa, come i gattini.
Regioni costiere
Sedute ai confini degli ecosistemi acquatici e terrestri, le regioni costiere della Colombia ospitano principalmente foreste di mangrovie. A causa dell'elevato volume di materia organica in decomposizione, questi ecosistemi costieri ospitano un gran numero di pesci. Le foreste di mangrovie contengono numerose specie di mangrovie oltre a una fiorente popolazione di bivalvi marini e molluschi; le comunità locali raccolgono spesso il bivalve noto come piangua hembra. Un certo numero di mammiferi abita queste foreste di mangrovie, tra cui gatti tigre, nutria e maiali selvatici noti come "tatabro".
Los Llanos (pianure)
Le praterie, o Los Llanos, si trovano principalmente intorno al bacino del fiume Orinoco, che si trova tra la Colombia e il Venezuela. Il fiume stesso ospita il coccodrillo dell'Orinoco, nativo e in via di estinzione, che è noto per raggiungere i 23 piedi di lunghezza. La tartaruga dell'Orinoco, la lontra gigante, l'armadillo gigante e l'aquila nera e castagna sono altre specie in via di estinzione di Los Llanos. Le pianure ospitano anche numerosi uccelli migratori, come il gambero giallo e diverse specie di piro piro.