I funghi svolgono un ruolo importante nel ciclo energetico all'interno e tra gli ecosistemi. I funghi si trovano in ambienti terrestri, marini e d'acqua dolce e fanno parte di una comunità diversificata di "decompositori" che abbattono piante e animali morti. Oltre ai funghi, questa comunità comprende batteri, piccoli invertebrati, come i nematodi e invertebrati più grandi, come lumache, coleotteri e lombrichi. I funghi trasformano la materia organica in forme che possono essere utilizzate da altri decompositori e in cibo per le piante.
Decomposizione
I funghi vivono ovunque sia presente umidità. Possono essere trovati come organismi unicellulari, come il lievito, che sono invisibili ad occhio nudo, e come organismi multicellulari, come i funghi, che sono costituito da filamenti di cellule chiamate "ife". I funghi sono così diffusi e numerosi che costituiscono una grande proporzione della biomassa in un dato ecosistema. I funghi svolgono un ruolo molto importante nel processo di decomposizione, perché possono abbattere materiali organici resistenti, come cellulosa e lignina, che gli invertebrati trovano difficili da digerire. I funghi rilasciano enzimi digestivi che vengono utilizzati per metabolizzare composti organici complessi in nutrienti solubili, come zuccheri semplici, nitrati e fosfati. A differenza degli animali, che digeriscono il cibo all'interno dei loro corpi, i funghi digeriscono il cibo al di fuori dei loro "corpi" e quindi assorbono i nutrienti nelle loro cellule.
Ciclismo nutriente
Le piante richiedono nutrienti per la crescita, ma raramente i nutrienti sono liberamente disponibili nel suolo o nell'acqua perché sono rinchiusi in composti insolubili. Le piante quindi si affidano ai decompositori per fornire loro nutrienti solubili che possono essere assorbiti dalle radici. Ad esempio, l'azoto, uno dei nutrienti vegetali più importanti, è bloccato in proteine che non sono facilmente assorbite dalle piante, sebbene alcune piante abbiano dimostrato di farlo. I funghi metabolizzano le proteine e rilasciano forme inorganiche di azoto, come il nitrato, che possono essere facilmente assorbite dalle radici delle piante. Negli ambienti d'acqua dolce i funghi sono strumentali nel trasferimento di energia dalla foresta ripariale agli ecosistemi acquatici, decomponendo il legno e la lettiera che cadono nell'acqua. Nei sistemi terrestri, i funghi trasferiscono energia dal suolo al di sotto di esso, dove viene riciclata alle piante.
Simbiosi
Alcune specie di funghi formano relazioni simbiotiche con le piante. I funghi micorrizici sono associati alle radici delle piante. Questa relazione è reciprocamente vantaggiosa perché i funghi facilitano il trasferimento di nutrienti dal suolo alle radici delle piante e, a loro volta, ricevono carbonio dalla pianta. Il carbonio viene immagazzinato dai funghi nel terreno e quindi non viene rilasciato come anidride carbonica. Un tempo si pensava che le piante fossero l'unica fonte di carbonio per i funghi micorrizici. Tuttavia, un articolo pubblicato nel numero di maggio 2008 di "Functional Ecology" rivela che i funghi micorrizici possono decompongono attivamente il carbonio organico, e quindi svolgono un ruolo maggiore nella perdita di carbonio e nell'input dal suolo rispetto a prima pensiero. I licheni sono un altro tipo di funghi che formano una relazione simbiotica, ma lo fanno con i cianobatteri. I licheni forniscono riparo ai batteri, che a loro volta producono energia e carbonio per i licheni tramite la fotosintesi.
Risorse alimentari
Ci sono molti animali che si affidano parzialmente o totalmente ai funghi come fonte di cibo. I mammiferi erbivori tendono ad essere mangiatori di funghi opportunisti, mangiando funghi se li incontrano mentre navigano nella foresta. Tuttavia, per alcuni animali i funghi costituiscono gran parte della loro dieta. Esempi sono il caribù, che fa molto affidamento sui licheni degli alberi per il cibo durante l'inverno quando i cibi a foglia non lo sono disponibile, e il potoroo dal naso lungo, un mammifero australiano la cui dieta consiste quasi interamente di fruttificazione fungina corpi. Molti invertebrati mangiano anche funghi, sia in modo opportunistico che attivo. Gli invertebrati dei torrenti ricevono energia extra quando mangiano foglie in decomposizione su cui crescono funghi. Le lumache di banana sono comunemente osservate mentre si nutrono di funghi e altri funghi, che sembrano favorire rispetto ad altri alimenti.