Le Filippine sono un paese ricco di biodiversità ed endemismo, con molte risorse naturali che contribuiscono all'economia e alle comunità locali. Le sue coste e gli habitat costieri sono di particolare importanza, con la pesca, l'agricoltura e l'industria che dipendono tutti dai corsi d'acqua e dall'ambiente marino del paese. Le minacce alla perdita di habitat e biodiversità derivano da varie pratiche, tra cui il disboscamento, la pesca non sostenibile e l'inquinamento.
Perdita di copertura forestale
Tra il 2000 e il 2005, le Filippine hanno perso poco più del due per cento della loro copertura forestale all'anno. Questo è stato il secondo tasso più alto nel sud-est asiatico. Nel 2005 si pensava che rimanesse solo il 3% della foresta primaria. La rapida deforestazione comporta varie minacce per l'ecosistema, tra cui la perdita di biodiversità, l'erosione del suolo, le inondazioni, le frane e la riduzione della qualità dell'acqua. Le foreste sono minacciate dall'estrazione commerciale e dal disboscamento.
Degrado delle barriere coralline
Le Filippine sono un centro globale per la biodiversità delle coste marine. La raccolta e l'esportazione illegali di coralli e pesci vivi della barriera corallina hanno avuto effetti negativi significativi sulla biodiversità, le condizioni della barriera corallina, la copertura di alghe e il numero di pesci. Solo il 5% delle barriere coralline conserva oltre il 75% di copertura di coralli vivi. Le pratiche di pesca distruttive comprendono la pesca eccessiva, la pesca a strascico, la pesca con la dinamite e la pesca con il cianuro, dove il cianuro viene disciolto nell'acqua e spruzzato nelle barriere coralline, mentre altre minacce provengono dall'inquinamento e erosione.
Minacce alle mangrovie
Le minacce alle mangrovie includono la raccolta eccessiva, l'inquinamento e il disboscamento per l'agricoltura e l'insediamento umano. L'allevamento di gamberetti provoca danni quasi irreversibili ed economicamente costosi all'area, il che è ancora più preoccupante perché gli allevamenti di gamberetti diventano non redditizi dopo appena tre-cinque anni. La distruzione delle mangrovie è anche collegata al degrado della barriera corallina, poiché le barriere coralline proteggono le mangrovie da forti onde e correnti che lavano via i sedimenti fini su cui crescono le mangrovie.
Perdita di biodiversità
Le Filippine sono considerate un paese con una megabiodiversità. Ha un sacco di flora e fauna uniche; infatti, quasi la metà dei suoi vertebrati terrestri e fino al 60 percento delle sue piante vascolari sono unici del paese. Il tasso di perdita di biodiversità si riflette in alcuni risultati scioccanti. A partire dal 2006, poco più del 20% delle specie di vertebrati è stato classificato come minacciato dall'Unione internazionale per la conservazione della natura. Circa 127 specie di uccelli sono considerate minacciate e il cacatua filippino nativo, un tempo molto diffuso, è ora in grave pericolo.