Gli agenti patogeni sono microbi che causano malattie nei loro ospiti. Mentre le piante di solito hanno più da temere dai funghi patogeni del suolo che dalle malattie batteriche trasmesse dal suolo, una varietà di batteri patogeni che vivono nel suolo causano malattie anche nelle piante. Esistono troppe specie di agenti patogeni delle piante del suolo per elencarle tutte, ma le seguenti sono alcune delle più importanti o comuni. Alcune specie di batteri nel terreno possono rivelarsi pericolose o addirittura mortali anche per l'uomo.
Clostridium botulinum
c. botulinum è un batterio gram-positivo (cioè un batterio che risulta positivo al test di colorazione di Gram) che forma spore resistenti e durevoli. Quando le spore trovano le condizioni giuste, germinano e iniziano a crescere. Possono produrre una proteina letale chiamata tossina botulinica, che agisce sul sistema nervoso negli esseri umani e in altri mammiferi per bloccare il rilascio di un neurotrasmettitore chiave chiamato acetilcolina. c. le spore di botulinum si trovano nel suolo e nell'acqua in molte regioni del mondo. Sono anaerobi e crescono solo in assenza di ossigeno; condizioni acide inibiscono la loro crescita. Sebbene C. botulinum a volte causa casi fatali di una malattia di origine alimentare chiamata botulismo, la potente tossina prodotta dal il batterio è diventato anche utile per paralizzare il tessuto muscolare negli esseri umani come parte di vari trattamenti medici o cosmetici procedure. Quando viene utilizzata come agente terapeutico, la tossina botulinica è conosciuta con il suo nome commerciale, Botox.
Erwinia carotovora
e. carotovora è un agente patogeno altamente distruttivo che causa malattie in una vasta gamma di piante, comprese le patate e la maggior parte delle altre verdure carnose. Questo batterio gram-negativo a forma di bastoncino può invadere le colture in campo o durante lo stoccaggio. La sottospecie E. carotovora carotovora sopravvive bene nel suolo e nelle acque superficiali; può crescere nelle zone radicali di molte altre colture non ospiti o persino di specie infestanti, invadendo patate o altre colture vulnerabili quando l'opportunità offre. Malattie comuni della patata causate da E. carotovora includono la coscia nera, il marciume del fusto aereo e il marciume molle dei tuberi.
Streptomyces scabbia
Gli Streptomyces scabbia sono batteri gram-positivi che insieme ad altre due specie di Streptomyces (S. acidiscabies e S. turgidiscabies) possono infettare patate e altre radici come barbabietole, ravanelli, rape, carote e pastinache. È insolito in quanto man mano che cresce, le cellule formano filamenti simili a quelli formati dai funghi, anche se molto più piccoli. Filamenti di S. la scabbia può quindi staccarsi per formare spore. I batteri si diffondono invadendo i tessuti giovani e freschi e penetrando nei tessuti più vecchi tramite ferite o aperture naturali.
Xanthomonas
Xanthomonas è un genere che comprende molti importanti patogeni vegetali. Sebbene non persistano a lungo nel terreno, alcune specie possono sopravvivere nel terreno durante l'inverno e infettare un nuovo raccolto in primavera. Come tutti gli altri proteobatteri, sono gram-negativi. La specie X. campestris provoca il marciume nero in un'ampia varietà di piante ed è forse il membro più importante del genere. Ironia della sorte, lo stesso batterio viene coltivato commercialmente per produrre gomma xantana, un comune additivo alimentare.