Menurut situs web BioWeb University of Wisconsin, primer PCR adalah oligonukleotida sintetik pendek (biasanya antara 18 hingga 25 basa) yang digunakan untuk memperkuat daerah DNA tertentu dalam teknik biologi molekuler yang dikenal sebagai reaksi berantai polimerase (PCR). Baik primer maju dan mundur diperlukan, dirancang untuk menjadi pelengkap balik untai DNA, untuk mengapit dan mengikat ke wilayah DNA yang diinginkan. Ketika para ilmuwan ingin melakukan penelitian pada gen atau wilayah DNA tertentu, pertama-tama mereka perlu melakukan PCR untuk memperoleh cukup banyak wilayah target untuk dikerjakan. Merancang urutan primer untuk wilayah yang diminati mungkin diperlukan jika belum tersedia melalui penelitian yang diterbitkan sebelumnya atau dengan cara komersial.
Dapatkan urutan nukleotida dari gen atau daerah DNA yang diinginkan dan putuskan berapa lama fragmen yang ingin Anda amplifikasi. Primer maju dan mundur dirancang untuk mengikat di awal dan di akhir fragmen yang diinginkan. Biasanya, metode PCR konvensional menggunakan primer yang mengapit wilayah antara 100 hingga 1.000 pasangan basa, sedangkan metode PCR waktu nyata menggunakan fragmen dengan panjang sekitar 50 hingga 200 pasangan basa.
Putuskan di mana dalam urutan Anda ingin meletakkan primer. Misalnya, Anda mungkin menginginkan lokasi di dekat ujung 5' atau 3' dari urutan atau di tengah. Jika diinginkan, tentukan lokasi primer untuk menjangkau sebuah intron.
Desain primer dengan panjang 18 hingga 24 basis. Vincent R. Prezioso, Ph. D., dari Brinkmann Instruments Inc., menyarankan bahwa panjang ini cukup panjang untuk menjadi sangat spesifik untuk wilayah DNA yang diinginkan, tetapi cukup pendek untuk mengikat (anil) dengan mudah. Suhu leleh primer (Tm) harus antara 55 hingga 80 derajat Celcius, cukup rendah untuk memungkinkan pencairan sempurna pada atau di atas 90 derajat Celcius, tetapi cukup tinggi untuk memungkinkan anil. Konten GC (persentase Gs dan Cs dalam urutan) harus antara 40 dan 60 persen. Ujung 3' dari urutan primer harus diakhiri dengan C atau G (disebut penjepit GC) untuk mempromosikan pengikatan, karena G dan C nukleotida memiliki ikatan yang lebih kuat, namun, hindari memiliki tiga atau lebih Gs atau Cs dalam lima basa terakhir dari urutan.
Hindari menjalankan empat atau lebih dari satu basa (seperti ACCCC...) atau empat atau lebih pengulangan di-nukleotida (seperti AATATAT...) karena dapat menyebabkan mispriming. Rancang primer tanpa homologi intra-primer (lebih dari tiga basa yang saling melengkapi dalam satu) primer itu sendiri) atau homologi antar-primer (di mana primer maju dan mundur saling melengkapi) urutan). Hal ini dapat menyebabkan self-dimer atau primer-dimer, di mana primer mengikat dirinya sendiri alih-alih mengikat urutan DNA yang diinginkan.
Gunakan sumber daya online dan situs web yang membantu dalam desain primer atau membantu memeriksa urutan primer untuk saling melengkapi atau potensi untuk membuat struktur sekunder seperti jepit rambut. Beberapa situs web desain primer termasuk Primer3 dari Massachusetts Institute of Technology, Primer-Blast dari Pusat Informasi Bioteknologi Nasional, dan OligoAnalyzer dari Teknologi DNA Terintegrasi.